“兄弟”反目
2012年8月12日，民选总统穆尔西当选总统后，开始对军、政等各界进行大换血，对包括国防部长坦塔维和陆海空三军司令在内的军方高级将领来了个“一锅端”，宣布解除国防部长坦塔维的职务，任命塞西为国防部长。
当时舆论纷纷猜测，塞西与穆尔西所属团体穆斯林兄弟会有着千丝万缕的联系。根据埃及《金字塔报》报道，当时真正让埃及老一代将领服软的不是民选总统穆尔西，而是军队里以塞西为首的少壮派军官起到了稳定政局的决定性作用。
美国海军研究生院埃及军事专家罗伯特·斯普林堡这样评价：“塞西是他们能依靠的人。他们信任他，清楚他的政治倾向……但这意味塞西是穆兄会的忠实拥护者吗？我怀疑这一点。”
果然，被推上军队最高指挥权不到一年之后，羽翼丰满的塞西摇身一变，成为逼宫穆尔西的关键角色。
2013年7月1日，塞西向穆尔西发出48小时通牒，要求后者要么结束当前危机，要么直面后果！军方7月3日晚宣布穆尔西下台，所有人把目光投向塞西：难道他真不是穆尔西的人？竟然这样在背后插了所谓兄弟一刀？
埃及《消息报》认为，这个结果其实并不意外，虽然穆尔西一年前把此前位于二线的塞西推到国防部长的位置，但塞西本来就是老国防部长坦塔维的内定接班人。即使穆尔西不居中插一杠子，塞西也要上位。而穆尔西将坦塔维等撤职却得罪了包括塞西在内的埃及军方，塞西也认为穆尔西的做法是对老上级的不公甚至是亵渎。
中国人民大学国际关系学院副院长金灿荣告诉《中国经济周刊》，埃及政变的真正原因是穆尔西执政一年过程中，不但没有把所承诺的关于社会公平和经济增长的“革命目标”实现，而且在政治纷争没有解决的前提下，致使埃及经济形势持续恶化，人们生活负担甚至更加沉重。
“尤其是穆尔西在2012年11月发表宪法声明，赋予自己极大权力，更加引起反对者的严重不满，在严重对立的政治生态中，穆尔西没有以积极对话的姿态回应反对声音。他疏远了其他力量，诸如法院、军队、警方以及媒体等。”金灿荣表示。