由“国防部”直接指挥 平时反恐镇暴，战时特种作战
台湾特种部队有“甲种”和“乙种”之分，下辖于“国防部”、“警政署”、“海巡署”等单位。
历经台湾军方多次变革和反复裁撤、整编，目前最精锐的4支特种部队，包括“宪兵”特勤队、特战指挥部特战连、海军陆战队特勤队和陆军航特部特勤队，都属军方的“甲种特勤队”，由“国防部”作战参谋次长室直接指挥，须经“国防部”的命令才可出动。
台湾军事评论员田金丽接受导报记者采访时表示，一般而言，特种部队的任务都分“平时任务”与“战时任务”。这4支特种部队平时主要担负“反劫持、反暴乱、反破坏”等反恐和警方无法完成的重大治安特勤任务；而战时则要完成空降、渗透、爆炸、破坏、反封锁、反登陆等特种作战任务。除此之外，这些特勤队还要承接一些“国际交流”活动，以及代训“友邦”国家的部队。
关于反恐任务，今年4月22日，台湾“国安局长”蔡得胜在“立法院”接受质询时说，台湾反恐任务部队有6支特勤队，除2支隶属于“警政署”与“海巡署”外，以上4支全都直属“国防部”。
