询及蔡英文任党主席后，不断对中方释出善意，也对国台办主任张志军首次访台定调为“来者是客”。吴树民指出，张志军访台，民进党要挡也挡不住，如果蔡英文想让张志军对台湾更加了解，应该邀请社团人士与张志军公开对话，这样最直接让他们了解台湾人在想什么。如果是私人会谈，人家会怀疑。
他认为，张志军来台湾不脱统战目的，但我们也要展现真实的台湾，民主社会有人赞成、有人反对，有人去丢鞋子。国民党的手段比民进党奸诈，民进党必须用智慧，让人觉得你有智慧，才能赢得民心。民进党想在2016重新执政，不要只想着巴结中国，应该思考重新执政后不要事事靠中国，用其他方式处理，这样才不会处处受制于人。
吴树民今年5月参加由爱与和平基金会在台北举办的两岸关系论坛“民主 和解 中华民族梦”，主题为“台湾的民主自由与中华民族梦”。他强调，参加这个学术研讨会主要是让他们知道，他们对台湾的理解是错误的，尤其是太阳花学运之后，他们更应该了解台湾人民。
吴树民认为，从国民党口中了解台湾是不可能的，找民进党的头人(领导人)要了解台湾同样有盲点，“就像要了解一个政府，头头的观点会让人看不清，找工友却能看得一清二楚”。他本来不想参加，决定要去就是抱着这样的心情，要让他们了解台湾人在想法什么。