他认为，“柯文哲现象”是台湾人民对政治人物失去信心的展现，柯直话直说、不矫情、不会掩饰，对台湾人而言，这是很难得的经验，对蓝绿恶斗很厌恶；尤其，学运让民进党边缘化，在野势力慢慢提升，这种大环境的变化让柯文哲有出机会出线。
有人认为柯文哲是深绿一员，吴树民指出，对台湾的关心不应该用蓝绿去区分，他很赞同柯用社会文化的层次处理台北市长选举。如果按照台南市长赖清德到中国访问的谈话来看很清楚，台独是历史的过程，二二八以来的台湾意识与台独意识也愈来愈清楚，民进党只是历史潮流之一，从历史与文化的角度看待，他感觉，台湾未来不是蓝绿问题，应该是认同台湾文化与台湾这块土地的问题，重新思考台湾人民想要什么。因此，深绿与深蓝都应该重新定义。
吴树民的父亲吴三连，乃日据时期与战后台湾政治民主化、本土化与社会运动的先驱人物。他在1920年加入东京留学生组成的新民会、东京台湾青年会等组织。吴三连曾当着台湾总督府总务长官下村宏面前批评日本殖民统治的高压政策，尔后，参与过林献堂“台湾议会设置请愿运动”。吴树民具有父亲吴三连反骨硬汉的精神。
谈到父亲吴三连曾任第一届民选台北市长，吴树民指出，他还在念小学时，父亲选市长，但当时的选举情况与现在大不同。
他说，当时蒋介石要吴三连当台北市长，主要是利用父亲无党籍身分做官派市长，这是一种招牌，因为做得不错，当时国民党的政策就是要让他当选，做为民主橱窗，讽刺的是，蒋介石是独裁者、却号称自由中国。后来，无党籍高玉树出来选，民主的热情慢慢出来，当时是畸型的民主状态。
针对民进党基层党代表提案主张冻结台独党纲，吴树民说，他不是民进党党员，也对民进党不太有信心，尽管，民主时代什么都可以提出讨论，但如果通过这个案子，他相信民进党很快就会消失，不存在了。