1999年，在王金平主导下，将非正式的党团协商(即朝野协商)法制化。在朝野协商过程中，不论政党大小，都同样只能有两个代表，换句话说，只有3席的台联，其议事影响力，和有64席的国民党无分轩轾。从此，争议性法案在“立法院”的专门委员会无法达成共识时，即由“立法院”各党团进行协商。这种制度虽然保障了小党的发言权，但也被诟病为密室协商、黑箱作业。
更为甚者，占“立法院”多数席位的政党提出的法案常因这种制度而无从通过，如台“立法院”目前的状况是，民进党以暴力冲突方式，让议事无法进行，国民党的政策几乎都无法过关，这样的模式，已让台湾形同是少数执政。
2013，走下神坛
2013年9月6日，台“最高法院检察署特别侦查组(特侦组)”发布新闻稿，指证在监听民进党籍“立法委员”柯建铭的过程中，发现“立法院长”王金平向“法务部长”曾勇夫、“高检署检察长”陈守煌关说，使柯被新竹地方法院以背信罪起诉的全民通电案得以不继续上诉。7日，马英九召开记者会痛斥“这是台湾法治发展最耻辱的一天”，并呼吁王金平尽速返台说明。10日夜间，在菲律宾参加完女儿婚礼的王金平返台。王在机场发表“千言书”，否认关说。
王金平对“关说案”的说明，令马英九十分失望。11日上午8时30分，马英九第二次召开记者会，表示“王金平对‘关说案’避而不谈，连一句道歉也没有，感到非常失望，无法接受”，希望“王金平知所进退，主动请辞”。9时30分，国民党召开考纪会。王金平向考纪会递交陈述书，强调自己并未关说。经过两个多小时的会议，考纪会决定撤销王金平党籍。
