太阳花学运影响下，两岸关系似乎一夕中挫，不仅《服贸协议》的签署受到延阻，原本各界期待在接续签署《货贸协议》后，打通两岸经贸交流任督二脉，即可合力加入“跨太平洋经济伙伴关系协定”（TPP）和“区域全面经济伙伴协定”（RCEP）等国际区域经济组织，两岸可望顺利进入深水区，就军事互信机制与和平协议等政治性议题进行协商。如今国民党政府的两岸关系布局，似乎暂时打住。
不过，大局不因个人意志而改变，台湾在东亚战略格局下属于被动方，战略选择空间非常小。加上大陆经济已经崛起，两岸在ECFA架构下建立了制度化的往来机制，台湾要继续生存发展，就必须和大陆维持良好的合作关系。大陆的经济实力，已吸引世界各国抢进大陆市场，在全球经贸体系中成为与美国并驾齐驱的力量，台湾不和大陆合作，就会被边缘化。至少未来10年，两岸经贸持续深化合作是势所必然，无可逆转。
这次学运中一些青年世代公开表态支持台独，外界解读为“台独”完成世代交替，辜宽敏称许为“新台独”，给予甚好的评价。但是“台独”势力受到台湾内部蓝营力量的制约、民进党交流派的制约、经济发展需要的制约、两岸关系结构的制约，及东亚战略格局的制约，学运期间，美国政学界相继表态挺服贸的背后，反映了这个事实。陈水扁任内感慨“‘台独’做不到就是做不到”，老“台独”如此，五大制约因素下，新“台独”亦然。
从大趋势观察，学运的影响只是拖延了《服贸协议》的审议程序，对于两岸的和平发展大局不会构成影响。但学运对政治生态的影响却不能忽略，新台独势力已掌握话语权和议题主导权，马政府的领导威信一再受到削弱，势必冲击今年的七合一选举和2016年的总统大选。蓝营如果不能抢回话语权和议题主导权，选举就会反应最直接的结果。
两岸应在反服贸的经验中找出迈向深水区的障碍与盲点，搬开两岸和平发展进程的绊脚石，为两岸的政治协商开局。大陆在十八大提出习近平对台工作的两个重点，就是建立军事互信机制以及签订和平协议。尽管服贸受挫，但是学术单位及民间团体就这两个重点的对话与探讨不能停顿。
大陆社科院台研所副所长朱卫东最近在《中国评论》发表了一篇《对两岸商签和平协议相关重要问题的探讨》，这篇文章详论两岸和平协议的定位、内容以及两岸达成和平协议的路线图，务实而深入的探究两岸和平协议的相关议题。文中认为，和平协议的性质是中程协议，“是属于两岸尚未统一前正式结束政治军事敌对状态、维护中国主权与领土完整，具有法律约束力的国内协议。”其主要核心在以“一个中国”框架定位两岸关系。两岸在迈入深水区时，要处理解决两岸所面临的各种疑难杂症，而其中最主要的症结就是“台独”，“一个中国”框架的精神就是反“台独”。
细读这篇文章可以理解，两岸签署和平协议道路仍然充满挑战，我们对朱副所长有关“中华民国”问题的观点也有保留看法，不过，民进党的“台独”主张确实是两岸三党必须优先面对处理的问题。
民进党内部也深知“台独”不可能付诸实现，甚至部分人士已认知必须积极处理“台独”党纲问题，且希望在2016年前有所突破。党内已有“冻结台独党纲”的主张，但学运后，“台独”声浪似见稍涨，民进党“冻结台独党纲”之议是否会因而“冻结”不得而知了。
不过，大方向应由选票决定，而不是在街头决定，民进党应以2016大选为重。谢长廷提出“一中宪法”，大陆不反对但并没有认同，蔡英文提的“中华民国就是台湾，台湾就是中华民国”“台湾共识”，语意模糊，无法厘清台独的疑虑，大陆及国民党都不会接受，冻结“台独”党纲应是建立两岸大共识及选民对民进党有安全感的好开始。