除了两岸经贸合作，两岸巩固政治互信是此次“习萧会”的另一重要看点，受到两岸高度关注。此前，有关明年在大陆举行APEC峰会期间，两岸能否举行“习马会”，在两岸引发高度关注和热烈讨论。而此次APEC峰会期间，台湾领导人马英九指派萧万长接替中国国民党荣誉主席连战作为代表出席，使得本次“习萧会”在一定程度上跳出国共党际交流的范围，向两岸官方接触迈进了一步，具有重要政治意义。
在“习萧会”上，习近平指出，增进两岸政治互信，夯实共同政治基础，是确保两岸关系和平发展的关键。着眼长远，两岸长期存在的政治分歧问题终归要逐步解决，总不能将这些问题一代一代传下去。我们已经多次表示，愿意在一个中国框架内就两岸政治问题同台湾方面进行平等协商，作出合情合理安排。对两岸关系中需要处理的事务，双方主管部门负责人也可以见面交换意见。
习近平的讲话透露出三方面讯息：一是强调两岸政治互信的极其重要性。两岸巩固共同政治基础是两岸关系和平发展的关键；二是强调解决两岸政治问题的必要性，展现大陆愿意与台湾一道务实面对、积极进取，共同协商解决政治问题的正确态度；三是为更好地处理两岸事务，两岸可建立双方主管部门直接联系协调机制，更好地推进两岸关系发展。
当日，中共中央台办、国务院台办主任张志军在印尼巴厘岛陪同中共中央总书记习近平会见台湾两岸共同市场基金会荣誉董事长萧万长之后，与台湾方面大陆事务主管部门负责人王郁琦进行了简短寒暄，实现了两岸双方两岸事务部门负责人历史性的首次会面。张志军表示，两岸有关部门应加强交流沟通，共同努力推动两岸关系和平发展，造福两岸同胞。王郁琦提出希望与张志军实现互访，张志军表示赞同，欢迎王郁琦在适当时候到大陆参访。
大陆国台办与台湾“陆委会”能够建立直接联系，协调处理两岸事务的新平台，对于两岸双方在一个中国框架内合情合理、积极务实地进行平等协商，推动两岸关系沿着和平发展的正确道路不断前进具有里程碑式的重大意义。
2008年5月以来，两岸关系实现历史性转折，开启和平发展新局面。五年多来，两岸关系保持了良好的发展势头，取得一系列重大进展。随着两岸关系由和平发展开创期全面进入巩固深化期，两岸关系中出现一系列重大而敏感的问题，需要双方深入沟通，妥善处理，以保证两岸关系进一步发展。
大陆国台办与台湾“陆委会”作为两岸双方的两岸事务对口专责部门，在两岸同属一个中国框架下建立直接联系协调的平台，两岸双方能够及时保持联系，有效沟通，有利于双方增进了解、深化互信，有利于及时处理问题，有利于推动两岸关系不断向前发展。
在国台办与“陆委会”建立直接联系协调机制的同时，大陆海协会与台湾海基会仍然具有就两岸事务性问题进行商谈及签署协议的功能。更为重要的是，国台办与“陆委会”的协调机制和两岸两会制度化协商机制是各负其责、各司其职，相辅相成，并行不悖，都是推动两岸关系和平发展的重要平台。在这两个平台的共同保驾护航下，两岸关系和平发展必将取得更加丰硕的成果，更好地造福两岸人民。
本次“习萧会”为两岸经贸合作开辟了崭新前景，同时进一步巩固了两岸政治互信基础，为两岸关系和平发展注入了强大动力。我们有理由相信，在两岸双方及广大人民的共同努力下，两岸不断增进互信，加强合作，共同巩固推进政治、经济、文化、社会基础，两岸关系和平发展必将迎来更加美好的前景，中华民族的伟大复兴必将指日可待！
