但是，中国与东盟的命运共同体建设不可能一帆风顺。首先，东盟地区国家内部存在着巨大的差异，各个国家不仅有宗教信仰上的矛盾和冲突，而且还有传统历史和现实利益纠葛。东盟国家在一些重大问题上之所以难以达成一致意见，根本原因就在于，东盟内部少数国家试图依靠本地区之外的大国帮助他们获得不应有的利益。东盟一些国家借助于超级大国的存在，试图改变东盟地区乃至整个南海地区的现状，不断挑战中国的国家核心利益，不断地在东盟内部制造矛盾。在这种情况下，如果不能积极寻求共识，并且凝聚共识，那么，东盟国家在对外开展合作的过程中，就会出现各种各样的困难，甚至有可能会出现分裂。
部分学者认为，中国在处理与东盟国家关系的时候，应当采取合纵连横、分而治之的策略，让少数东盟国家充分意识到，如果对中国采取对抗的策略，那么，最终会搬起石头砸自己的脚。坦率地说，在一些具体问题上，可以争取东盟多数国家的支持，但是，从长远战略发展来看，必须让东盟所有国家储备意识到，中国是一个十分友善的国家，中国希望东盟所有的国家都在和平稳定的基础上发展经济，因为只有这样才能循序渐进处理历史遗留问题。
中国作为地区大国，从来都不谋求通过军事对抗的方式解决争端，中国在处理与菲律宾等国家争议问题的时候，始终做到有理有利有节，从来没有恃强凌弱。对菲律宾等国家在南海问题上采取的不理智行为，中国积极开展外交斗争，使菲律宾朝野各界充分意识到，中国有能力也有权利保护自己的主权和领土完整。对于菲律宾狐假虎威的做法，中国政府一方面提醒菲律宾不要进行挑衅，另一方面则继续保持与菲律宾正常贸易合作。这样做的目的就是要充分利用菲律宾国内的民主政治制度，最大限度地争取菲律宾普通民众的支持，防止菲律宾政府打着民粹主义的旗帜不断地在南海问题上制造事端。
中国对所有东盟国家都采取一视同仁的态度，在发展经贸关系的问题上坚持“经济与政治”相对分离的原则，不会因为中国与某些东盟国家在政治上存在紧张关系，而阻止与这些国家经济上的往来。中国希望东盟国家形成一个自由的贸易市场，从而给本地区乃至中国带来更多的贸易机会。在处理中国南海问题争端方面，中国始终致力于制度建设，希望把各方面的利益都纳入到法律规范之内，并且通过法定程序循序渐进地解决问题。
中国希望东盟国家保持团结，而不希望东盟国家出现分裂。中国不会采取分而治之的做法，延缓东盟国家合作的步伐，更不会对东盟国家谋求建立统一的经济共同体和政治共同体提出反对意见。中国始终支持东盟国家团结在一起，平等讨论问题，共同寻求经济发展的道路。当然，在这个过程中不可避免地会出现各种各样的矛盾和冲突，某些国家领导人出于短期政治利益的考虑，会采取些机会主义的外交策略。如果中国的东盟战略受制于某些国家领导人的短期行为，那么，中国与东盟国家的合作就会磕磕绊绊。近些年来中国始终致力于强化与东盟国家的制度性合作。换句话说，中国希望建立一系列的制度，把中国与东盟关系发展的成果法律化，并在此基础上进一步扩展中国与东盟的合作空间。
中国倡议中国与东盟国家建立金融机构，促进中国与东盟国家的贸易和基础设施建设，这本身就是充分吸取第二次世界大战之后国际经济发展经验基础上提出的建设性主张。可以设想，如果在中国和东盟国家之间建立类似于世界银行和国际货币基金组织这样的机构，那么，今后中国与东盟国家之间的经贸关系将会由于这些机构的存在而更加紧密地联系在一起，中国发展与东盟国家关系的时候，既可以通过直接投资的方式与东盟国家发生双边关系，同时又可以通过地区性的金融机构间接地与东盟国家发生经济联系。
