引发此次民众大规模抗议的深层次原因则是世俗派与伊斯兰派的冲突，即埃及将来是以伊斯兰宗教政治来治国理政，还是用体现埃及多样性的世俗民主原则来改造国家，是国家走向何方的全面博弈。
埃及获得独立后，在军人执政的基础上走向了世俗化变革之路。然而，这种世俗化基本上发生在精英阶层，精英的世俗化与大众一成不变的伊斯兰化便成为埃及这个国家和社会的结构性矛盾。2011年，阿拉伯之春席卷埃及，并在短短的十八天之内、以极小的代价赢得胜利。然而，在一人一票、票票等值的制度设计下，伊斯兰色彩的穆斯林兄弟会自然成为“阿拉伯之春”的最大赢家——尽管革命发生时它并不积极，贡献也远远比不上斗争在一线的、高扬民主自由大旗的自由派。
出身于穆斯林兄弟会的穆尔西2012年6月30日上台后，在宣誓就职时承诺建立一个世俗、民主、法治的现代化国家。但一年以来，正如反对派民众所指控的，他执政并非为全体埃及人民，而是要建立一个在意识形态和政治上均由伊斯兰控制的政权。
应该说，现代化是各个文明的追求和奋斗目标。但和东亚儒家文明圈取得成功的日本、韩国、台湾和新加坡以及被认为正在取得成功的儒家文明发源地中国相比，伊斯兰文明则鲜有成功者。其根本原因一是作为后起的国家，已经无法复制西方渐进式民主演变模式。
西方从民主的萌芽到发展成熟，无不经历数百年的漫长演变。这期间经历了民族国家的形成、国家基本制度建设、宗教改革、工业革命、公民社会的形成、市场经济和法治意识的建立、成熟的政党政治、投票权的逐步扩大等等。然而，后起的国家则往往是一步到位，失败自然是必然的结果。
特别是需要强调的是对于民主制度而言，“一个共同价值观为基础的公民社会”极为重要，只有这样，意见不同的人才会愿意合作。埃及之所以对抗取代妥协，也和世俗派、伊斯兰派没有共同的价值观密不可分。中国这方面也有惨痛的教训。1912年中国一夜之间就建立共和制，成为亚洲第一个共和国。结局则是复辟、乱政、内战、军阀混战。国弱则加速了日本对中国的觊觎，最终爆发了惨烈的八年抗战，国本几乎耗费殆尽。而亚洲四小龙以及日本都以各种方式长期维持一党执政，实现经济起飞后才逐渐实行民主化。
另一个根本的原因则是上文提到的世俗化与伊斯兰化的张力。从目前看，相对成功的只有伊朗和土耳其。埃及、突尼斯、也门、利比亚则以失败告终：从军人、强人强行推动世俗化到伊斯兰化借助民主化重新复兴，几十年走了一个来回。而中东石油国家则还没有破题，依然是传统伊斯兰文化主导一切的社会。假如石油资源耗尽，“能源诅咒”现象出现，其结局恐怕还不如今天的埃及等失败国家。
土耳其采用的是军人扮演世俗化保护力量的角色，一旦民选政府过度倾向伊斯兰化，则不惜发动军事政变干预，然后再还政于世俗化色彩的文官。但随着伊斯兰色彩浓厚而又政治能力非凡的埃尔多安的出现，这一模式显然已经走到尽头。他不仅利用执政成功带来的高威望摆平和清洗了军方，同时利用其民选的合法性，强硬镇压抗议和反对的民众。取得这一决定性胜利的埃尔多安，将在修改宪法之后，谋取总统权力，继续统治土耳其，从而成功实现其伊斯兰化的转向。届时，民族英雄凯末尔开创的土耳其模式将寿终就寝。
