为了阻止美国人破坏船只，朝鲜舰艇立即组织武装人员登上“普韦布洛”号，结果发现船上只有小部分设备和文件被破坏，大量有价值的航海日志和无线电情报等重要文件均完好无损。随后，朝鲜水兵将“普韦布洛”号所有船员蒙上双眼，反捆起来，并操纵“普韦布洛”号驶向朝鲜的元山港。随后，美国船员被押往平壤。
“普韦布洛”号落入朝鲜之手的消息震惊了整个美国。美国政府使出其惯用的武力威胁手段，将大批轰炸机和战斗机调到韩国。面对美国的大兵压境，朝鲜领导人金日成态度强硬，命令朝鲜人民军、工农赤卫队和全体人民做好一切战斗准备。1968年2月8日，朝鲜通过媒体发出警告：朝鲜将“以报复来回答报复，以全面战争回答全面战争”。半岛局势一触即发。
这时，美国突然“软”了下来，沉默了一个月后才发表了谴责声明，而且声明除了要求朝鲜归还船只、释放船员外并没有发出报复的威胁。为什么呢？这是因为美国当时正深陷越南战争泥潭，没有足够的机动兵力与朝鲜一战。据美军负责制定作战预案的高级参谋和专家推算，如果对朝鲜发动空袭，飞机的战损率将高达70%。更令美国担心的是，中国和苏联等国都以各种形式表示了对朝鲜的支持，并准备随时支援朝鲜。这就让美国的底气更加不足。
在发表谴责声明后，美国主动提议谈判解决“普韦布洛”号事件，朝鲜顺势接受，和美国开始了历时近一年的马拉松式谈判。失去了武力恫吓的法宝，美国在谈判桌上节节败退，最后完全接受了朝鲜方面提出的“3A”条件，即Acknowledge（承认错误）、Apologize（谢罪道歉）、Assure（保证不再发生此类事件）。
1968年12月23日，美国政府承认其电子侦察船侵入朝鲜领海，并发表书面声明做出道歉。同日，朝鲜外务省发表声明，称鉴于美国“普韦布洛”号船员“坦白供认”其侵犯朝鲜领海的罪行并一再请求宽恕，而且美国已于当天向朝鲜“赔礼道歉”，朝鲜政府宣布没收该船以及船上所有的设备和武器，将全部船员驱逐出境。同一天，朝鲜在板门店将“普韦布洛”号上的82名被俘船员以及一具死亡船员的尸体移交给了美方。至此，历时11个月的“普韦布洛”号间谍船事件终于结束。
对朝鲜而言，“普韦布洛”号间谍船是它在与美国几十年的斗争中缴获的最辉煌的战利品，因此一直将其停泊在大同江港口内，作为爱国主义教育基地。2002年10月，为了与美国缓和关系，朝鲜曾考虑过归还“普韦布洛”号，但不久后爆发的朝核危机使这一想法不了了之。
然而，美国对这艘被囚在朝鲜大同江面上的“普韦布洛”号一直念念不忘。2005年2月，科罗拉多州共和党参议员韦恩·阿拉德向国会提交了一份决议草案，要求朝鲜立刻归还所“劫持”的“普韦布洛”号。而美国参议院在该年9月审核2006财年预算案时，特地在法案附件《参议院报告书》中提出，国务卿赖斯必须提交一份详细报告，阐明布什政府上任以来为收回“普韦布洛”号间谍船所做的努力。但很显然，这样的言辞只是为了敷衍民众和媒体的压力而已。
“普韦布洛”号在错误的时间、错误的地点成了一个尴尬的主角。谁又能保证类似的机缘不会再次出现，以及到那时的结果还只是场尴尬呢？
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