战争因素
一般认为台风是造成元军失败的最大原因。有一种说法认为元军舰队之所以被台风摧毁，是因为使用了错误的船型。日本水下考古学家林田宪三的研究团队研究元朝舰队的沉船后，认为他们使用的是在运河航行的平底船，采用了当时较为流行的水密隔舱设置，而不是在海洋上航行的海船。
而之所以如此，可能是因为元朝蒙古统治者在中国本土及高丽的残酷压迫，导致朝鲜半岛、华南沿海两地，对于战事的准备与造军舰很反感，造船的汉人和朝鲜人工匠故意使用错误的船型，而蒙古人对航海又一无所知；又或者忽必烈攻日太过仓促，未有充分准备海船，造船工人只得在匆忙间敷衍，以求交差了事。不过具体原因目前尚无定论。
尽管不是得到普遍承认，但现今有一些学者认为侵略事件双方的兵力比传统认为的要少得多；还有些学者甚至认为气候并非胜负的主因，日本可以在没有"神风"的帮助下，有效地击退入侵的元军。
后续影响
两次出师失利，并未使忽必烈放弃征服日本的计划。1283年（元至元二十年），忽必烈下令重建攻日大军，建造船只，搜集粮草，准备第三次征日。此举引起江南人民的强烈反抗，迫使其暂缓造船事宜；同时，元帝国在南方对越南陈朝发动的进攻受挫，造成国力匮乏，三度攻日之议因而作罢。直到1294年（元至元三十一年）正月忽必烈逝世，都未再攻打日本。
两次击退"元寇"后，幕府继续加强九州的防务，那里的许多军事设施很多年后还有效；然而，为了应对"元寇"而进行的全国范围动员，使得日本的经济和军事都处于重压之下，资源使用已经到了极限，幕府也无法充分赏赐抗元将士，加剧了国内武士集团间的矛盾，埋下了镰仓幕府统治体系于14世纪前半叶瓦解的背景。
