另一方面，“蛟龙”号的研发是一个复杂的系统工程，包括总体、结构、动力源、机械、通信等12个分系统，涉及到多种技术领域的前沿科技。作为总师单位的中船重工702所，需要联合中科院自动化所和声学所等上百家科研单位进行协力攻关，各种事务可谓千头万绪，都需由徐芑南率队梳理。
接踵而至的还有人才建设、团队协作等问题。当时，702所的一批老研究员已经陆续退休，但在“蛟龙”攻关的过程中，仅仅是各个分系统的主任设计师，就需要12位，“最缺的就是40岁左右年富力强、富有经验的人才”。
在接受《中国科学报》采访时，回忆起当年的研制工作，徐芑南说自己最感谢的就是“蛟龙”号的团队成员。
“很多资深老专家尽管已经退休，但他们仍然很关心‘蛟龙’号的成长，他们给我们出点子，帮我们把关。每次海试成功，他们都会打电话过来询问。”徐芑南回忆。
更令徐芑南感动的是以中青年为骨干的设计师系统团队。很多时候，这个团队里的成员几乎都是从设计、加工、总装、联调、水池试验一路走过来的。“在海试期间，我们的设计人员有的还要亲自进‘蛟龙’号下潜，特别是第一次海试，下潜的全都不是专业的潜航员，但却承担起这潜航员的责任。‘蛟龙’号上的每一个人，都是这样在独立摸索，在实践中创造经验，这就是一种拼搏奉献的精神。”
此外，“蛟龙”号的海试团队由方方面面的单位组成，“当时我们有这么一个口号：‘只有岗位之分，没有单位之分’，连续几年的合作，我们的通力协作也印证了这个口号”。每一次“蛟龙”潜海，海试指挥部、海监渔政部门以及海洋气象等各单位人员都需要密切配合，几次海试下来几乎没有出错，这都令徐芑南印象深刻。
历时6年，作为我国自行设计、自主集成的第一台深海载人潜水器的“蛟龙”号终于在2008年建造完成。
说不尽的海洋故事
2009年“蛟龙”号首次海试，徐芑南亲自带领团队上船，历时三个月，他作为“蛟龙”号技术负责人与大家一起积累海试经验，完善海试操作规程。由于年龄过大，以后三次海试他只能待在岸上的“陆基保障中心”与船上同志一起分享成功的喜悦。
之后，“蛟龙”号都在以每年2000米的速度持续向海洋深处推进——2010年，“蛟龙”号下潜突破3000米；2011年，成功突破5000米；2012年6月30日9时56分，“蛟龙”号潜至7062.68米……这一切，与徐芑南的努力是分不开的。
徐芑南常对702所的年轻人说：“你们赶上了好时候，一进所就碰上了‘蛟龙’号这个大项目，我可是等了一辈子啊！”
随着“蛟龙”号7000米海试的成功，徐芑南作为“蛟龙”号总设计师的工作已经告一段落，“现在‘蛟龙’号已经进入了实验性应用阶段，这个课题组的组长就不是我了，现在年青的一辈都干得比我好”。
当与记者谈起因身体无法继续在科研一线工作，徐芑南还不忘幽上一默：“长江后浪推前浪，前浪嘛，总要拍在沙滩上的。”
尽管“蛟龙”号项目已被顺利验收，徐芑南似乎依旧没有停下脚步——在近期“蛟龙”号远征太平洋的过程中，他还经常同大洋协会保持联系，还在陆地上作一些支撑性的工作；同时，徐芑南还关注着整个深海工程装备的发展工作，希望能看到将来对海洋资源的勘探和开采，“哪个地区有资源，值不值得开采，开采后又怎么运输，深海生态环境如何保护……”
白发苍苍的徐芑南，心里装的依旧是海。
