台湾领导人马英九昨天首度回应，并且力挺王郁琦认为他处置适当，马英九以害虫和啄木鸟为比喻，强调两岸关系的发展就好比大树成长，一旦发现树上有害虫就必须要以啄木鸟的态度把害虫找出来，并且除掉，大树才能够正常成长，两岸关系不会因为一个害虫就发展不了。
马英九回应全文：
马英九在九一记者节及中秋节前夕，与吴敦义、“总统府”秘书长杨进添、副秘书长熊光华、萧旭岑等人陪同下，与媒体记者茶叙，会后回应媒体3个提问，全部与张显耀案有关，以下为回应全文：
问：这两天大家都在问，陆委会主委王郁琦的处置，您是不是觉得有什么缺失，现在有很多的声音说他应该要下台负责，筑防火墙，您对于他的去留是不是跟大家做个说明。会不会担心从这件事情之后伤害了两岸的关系？
马英九表示：很多人关心陆委会王主委，有人说要他去职，也有人说他并没有犯任何的错。首先我要让各位了解的，就是张显耀前副主委的这一个案子，是王郁琦主委发现之后，主动的调查，而且还明快的处置，并且联系检调、配合侦办，最后他还出来对外说明，他的记者会开了70分钟，我觉得就这类的事件，全世界很少有政府花这么多的时间向大家来说明的。