如何具体做好改革呢？习近平主要提到了以下五大方法论：
一是现实问题分析法。“问题”两个字在这一轮改革中非常显眼。首先，改革是由问题倒逼的，要在改革中解决问题，在解决问题中深化改革。其次，改革的目标也是中国的现实问题，解决前进和发展中的问题。再次，在改革过程中，要有强烈的问题意识，要以重大问题为导向，善于抓住关键问题，只有这样才能思考好、解决好问题。可以说，各地改革执行者要做好改革，首要的就是要了解中国的问题，了解现实的问题，只有有了问题意识，学会分析问题，才能抓住问题，才能解决问题。
二是马克思主义经济作用论。改革中的问题很多，有了问题意识之后，如何来解决这些问题？这就要抓住核心问题。按照马克思主义经济学，经济基础对上层建筑有决定性作用，经济基础的变革能推动上层建筑的变革。中国的问题很多，包括经济、政治、社会、利益问题等多方面，但经济问题、利益问题具有基础性作用，解决好经济问题有利于推动其他问题的解决。因此，这一轮改革在步骤上也是从保障市场的基础性作用入手，通过变革市场来倒逼企业改革和政府、社会改革，同时通过改革财税制度这一涉及“经济”的制度，通过财税利益的调整来促使地方政府改革。这一轮改革明确要求“发挥经济体制改革的牵引作用”、“推动生产关系同生产力、上层建筑同经济基础相适应。”
三是矛盾论和系统论的结合。改革之中的问题很多，除了通过变革经济基础来推动其他领域的变革外，还应注意各问题之间的关系，即抓住解决重大问题、主要问题，又要注意改革的协同性，相关领域的改革要一并考虑、统筹考虑。矛盾论和系统论其实是一个整体，矛盾是整体中的矛盾，虽有主次之分，但有互相关联，有时候同一整体中多重重大矛盾交织，系统考虑显得更加重要。在这一轮改革中，重大的矛盾是解放思想和实事求是、整体推进和重点突破、顶层设计和摸着石头过河、胆子要大和步子要稳、改革发展和稳定等，这些重大矛盾必须放到整体中，必须通盘考虑。
四是顶层设计和摸着石头过河。习近平在十八届三中全会第二次会议中指出，摸着石头过河，是富有中国智慧的改革方法。对这一方法给予了高度肯定。所谓摸着石头过河，就是在没有先例的情况下，在实践中，对必须取得突破但一时没有很大把握的改革，采取试点探索、投石问路的方法。这一轮改革对于摸着石头过河的方法非常重视，是和顶层设计并列的推动改革的两大重要方法，顶层设计主要体现在中央，摸着石头过河则主要体现在地方。
五、注重取得改革共识。取得共识虽然不算改革方法，却是推动改革的重要做法。改革是利益的调整，难免触犯一些人的利益，同时由于利益和价值的多样化，改革的措施很难获得人人赞同，但即使如此，也要尽最大可能去取得改革共识。习近平说过，虽然现在人民认识差异很大，改革共识很难形成，但越是思想认识不统一就越要善于寻求最大公约数。人心齐、泰山移，凝聚共识很重要。这不同于统战思想，而是切切实实的取得更多人对改革理解和支持的做法。
改革进行以来，中央积极推动，但地方表现中规中矩，创造性少，突破更少。造成这种现象的原因除了顶层设计未明、上级指示没有下达、改革硬骨头难啃、官员畏难情绪等因素外，还有一点非常重要，那就是对习近平总书记的改革方法论认识不透，正因为抓不住方法，不知道什么该做、什么不该做，产生了怕犯错误、怕冒尖等心态。而如果对习近平总书记的改革思想、改革方法论有了正确的理解，改革就不会犯方向性错误，地方改革者就能够大胆的试、大胆的闯，直至走出一条落实改革、推动改革的新路来！