乔石建立信访机制，尉健行推动合署办公
1987年，十三大召开，纪检工作进入新阶段。在这次大会上，乔石接棒陈云，成为中纪委书记。第二年年初，党中央提出了“经济要繁荣，党政机关要廉洁”的要求。在此背景下，中纪委采取的一个重要措施就是建立信访机制，重视群众监督的力量。其中，铁道部的“大老虎”就是在群众的监督下浮出水面的。
1988年，中纪委信访部门陆续收到许多举报线索，检举时任铁道部副部长张辛泰以权谋私，中纪委十分重视。没多久，铁道部另一名副部长罗云光的严重失职和受贿问题被发现，中纪委要求张辛泰赴郑州，协助调查罗云光案。张辛泰居然顶风作案，表面上“协助调查”，暗地里先后3次潜回北京，接受他人贿赂。1990年5月，办完罗云光案后，中纪委集中调查张辛泰的受贿线索，张辛泰自以为天衣无缝：“送礼人送东西时，我当时不在北京，现在正要向组织说明。”最终，中纪委工作人员在郑州查到了张辛泰潜返北京受贿的证据，拆穿了其谎言，张辛泰终告落马。
1992年，十四大召开，尉健行成为新一任中纪委书记，并在1997年的十五大上连任。一上任，尉健行就推动了中纪委和监察部的合署办公——监察部于1986年恢复，1993年合署办公后，与中纪委“一班人马、两块牌子”，从而把党的纪检职能和国家的行政监察职能统一起来，理顺了党政监督关系。
此后，纪检工作进入一个新高潮。据媒体统计，从1993年到2002年，共有41名省部级官员受到查处，很多案件至今都是人们耳熟能详的。其中，既有北京市委书记陈希同、辽宁省副省长慕绥新这样的地方领导，也有公安部副部长李纪周这样的部委领导，还有华能集团公司副董事长查克明、中国农业银行副行长赵安歌这样的国有大型企业领导，更有全国人大常委会副委员长成克杰这样的国家领导人。尤其是成克杰一案，创下新中国成立以来首个因腐败被判死刑的国家领导人的纪录。而此案的案发，源于1997年中纪委查办广西贵港一名副市长时发现的模糊线索。从这个看似不起眼的案件查起，几经曲折，先后突破35名涉案人员，最终打下成克杰这只级别最高的“大老虎”。
吴官正创立巡视制度，贺国强查办多个大案
2002年党的十六大上，吴官正出任中纪委书记。次年2月，十六届中纪委第二次全会召开。这次会议有两大亮点，一是对各级纪委的职能做出定位。此前，在新中国成立初期，中纪委书记朱德说，各级纪委是党委的“助手”和“办事机关”；在改革开放初期，中纪委常务书记黄克诚又把各级纪委比喻为党的“保健护士”“保健卫士”。但这些都不是职能定位。直到此次会议，才把纪委职能定位为“党内监督的专门机关”。
另一个亮点是提出“建立和完善巡视制度”。在这次会议结束半年后，2003年8月18日，中共中央、国务院正式批准中纪委、中组部关于设立专门巡视机构的请示。随后，组建5个巡视组，共有45名巡视工作人员。各巡视组组长从刚离开工作岗位、尚未办理退(离)休手续的正省部级干部中选任，副组长由副部级巡视专员担任。巡视制度的创立，加强了中纪委的监督力量。就在巡视组成立的第二年，即2004年，便有16个省部级官员落马，创下历年来的新高。2006年的十六届中央政治局原委员、上海市委原书记陈良宇案，2007年的山东省委原副书记杜世成案，都是在巡视中发现线索的。2007年夏天，吴官正还专门前往北戴河，看望第一期全国巡视干部培训班的学员。
吴官正任内查办的大案还有一个值得关注，即原十六届中央委员、贵州省委原书记刘方仁案。2001年8月，审计部门在一次常规审计中，发现负责贵州公路建设的许多公司都是外地的“空壳公司”。纪检部门随后跟进，查出贵州省交通厅厅长卢万里有重大嫌疑。卢万里随即仓皇外逃，2003年才被缉拿归案。卢万里深知死罪难逃，为减轻罪责，向纪检机关举报了刘方仁。卢万里供称，1999年8月，在国外经商的亲戚来找他帮忙，他便将亲戚引荐给刘方仁。该亲戚将一对价值10.6万元的劳力士手表送给了刘方仁。纪检部门从这对名表入手，开始调查刘方仁，发现刘方仁本人及亲属有严重的经济问题，官商勾结，收受贿赂。刘方仁成为改革开放后第一个走上法庭的省委书记。2004年6月，他以受贿罪被判处无期徒刑，关押于秦城监狱。
2007年党的十七大召开，贺国强接替吴官正出任中纪委书记。在十七大报告中，提出了党的“五大建设”，将反腐倡廉建设和思想建设、组织建设、作风建设、制度建设并列，把反腐倡廉提到了新的高度。在此背景下，中纪委“打虎”力度再次加大，十七届中央政治局原委员、重庆市委原书记薄熙来案，原铁道部部长刘志军案等一批影响重大的案件得到严肃查处。
