改革机构或整合
21世纪经济报道记者也获悉，在中央成立全面深化改革领导小组后，此前政府部门的多个改革小组以及改革部门，可能面临职能重新界定的问题。
比如目前国务院有深化医药卫生体制改革领导小组、住房制度改革领导小组、农村综合改革办公室等， 都属于高层议事协调机构。
其中国务院医改小组，最初办公室设在国家发改委，2013年已经调整到国家卫生和计划生育委员会。中国社科院社会学研究所专家房莉杰表示，近年来尽管医改不断推进，但是看病贵的问题并未很好解决。
她认为，现在国家卫生计划委很难推动医疗改革涉过“深水区”。她在2013年社会蓝皮书发布会上指出，“只有卫生政策对医改的政治优先性上升，引起领导的重视，才能更加协调地进展下去。”
而如她所言， 类似的机构如国务院房改办，以及国务院农村综合改革办等，本身推动改革也很难。
比如住房改革已经改了多年，国务院出台了太多的政策，高房价仍难以遏制。中国社科院社会发展战略研究院院长李汉林认为，城市40岁以下者租房占70%，住房已经成为城市居民收入和生活压力的主要来源，“住房问题不仅关系人心的向背，而且会直接影响中国年轻一代的政治取向和态度。”
郝明焕认为，中央全面深化改革领导小组成立后，各个重要的领域的改革小组，可以在中央全面深化改革领导小组的领导下改进，原先的国务院的改革议事机构可以整合，“像教育、医疗、住房、土地等主要改革的分小组，不能少”。
2013年11月19日，国务院法制办副主任袁曙宏在专题吹风会透露，下一步，各地区各部门也将成立领导小组和相关机构。
日前广东省国土资源厅宣布，已经专门成立了深化国土资源改革领导小组，预备全面推进全省国土资源管理领域工作的各项改革。另外，国资委、国土部，也在酝酿新的改革方案。
湖北省委书记李鸿忠此前指出， 各个地方、部门和单位也要发挥主观能动性，选择若干重点领域和关键环节进行突破，力争在各自领域形成改革“亮点”和“代表作”。
但是否以后每一个部门都要成立改革领导小组，仍有争议。
贾义猛认为，以后各级党委和政府的下设部门，是否需要成立这样的小组，也应根据实际需要来确定。一方面，可以通过成立有关领导小组来领导推进各个领域深化改革任务的落实，另一方面，新设机构也需规范，“不能打着改革的旗帜只是追求变相增设机构和编制”。
