薄谷开来在证词中说：“11月14日中午，王立军来到‘三号楼’(薄谷开来住处)，当天见到王立军以后，我详细告诉了他13号晚上我去见尼尔及实施投毒的过程。他让我不要再去想这件事，今后这事和我无关了，还让我把案件的记忆抹去。我讲我有点担心，他讲过一两个星期就好了。”王立军对这次谈话进行了秘密录音。
11月15日，尼尔·伍德被发现死亡后，王立军指派与薄谷开来关系较近的重庆市公安局原副局长郭维国(已判刑)负责该案的办理，但没有向郭维国等办案人员告知其所掌握的薄谷开来涉嫌杀害尼尔·伍德并有录音证据的事实。而后，王立军又打电话给已到案发现场的分管刑事侦查工作的副局长黄某，要求其返回单位，不再负责该案办理工作。郭维国安排关系密切的李阳(时任重庆市公安局刑警总队总队长)、王鹏飞(时任重庆市公安局技术侦查总队总队长兼渝北区公安分局局长)、王智(时任重庆市公安局沙坪坝区公安分局常务副局长)，到现场参与处置。在走访和现场勘查过程中，郭维国等人发现薄谷开来有作案的重大嫌疑，遂通过制作虚假走访笔录、隐匿物证等手段掩盖其到过现场的真相。
11月16日上午，郭维国、李阳、王鹏飞、王智做出尼尔·伍德系酒后猝死的结论，不作刑事案件立案，王立军未提出异议。
11月17日，王立军主动将郭维国等人现场提取的记录薄谷开来到过现场的酒店监控录像硬盘交给薄谷开来。薄谷开来在证言中说：“王立军对我说这是南山丽景酒店的监控录像硬盘，录像显示我去见过尼尔以后，再也没有其他人去过。他的意思是为了保护我。”
郭维国等人通过做工作，使尼尔·伍德家属认可了酒后猝死的结论。11月18日，尼尔·伍德尸体未经解剖在当地火化。当晚，王立军将该情况电话告知薄谷开来。张晓军在证言中称：“2011年11月18日晚上，王立军给我打电话让薄谷开来来接，薄谷开来接过后说，王立军来电话说了8个字‘化作青烟，驾鹤西去’。”
王立军在供述中称，他明知该案如果他杀成立，会是重大案件，但为了不得罪薄谷开来，他回避了这个案件。“说句实话，这个案件如果不是牵涉到薄谷开来，我肯定会安排多管齐下，早就把这个案件查清了。”
虽然王立军与薄谷开来关系密切，但并不意味着没有矛盾。证据显示，“11·15案件”案发前，王立军和薄谷开来就因为种种原因产生过矛盾。2011年8月12日，薄谷开来之子薄瓜瓜有事想见王立军，王立军人在重庆市区但不想见他，就让司机说自己在万州，结果薄瓜瓜在夜赴万州的路上差点出了车祸，薄谷开来因此对王立军很生气。
“11·15案件”发生后，薄谷开来担心案情暴露、采取了毁证等一系列行动，王立军对薄谷开来不断折腾、知情面不断扩大产生不满。
2011年12月14日，薄谷开来专门设宴，请参与“11·15案件”办理、替自己掩盖杀人行为的李阳、王鹏飞、王智等人吃饭。王立军在供述中称，“第二天，郭维国带着王智和王鹏飞来到北京，我当着郭维国的面把王智和王鹏飞骂了一顿。我认为应该是我骂他们的话传回了重庆。从去年(2011年)12月14日以后，薄谷开来就跟我变脸了，接触的时候就不一样了，没有以前热情了，开始对我防备。”郭维国、王鹏飞、王智也证实了上述情节。
2011年12月底，王立军身边4名工作人员被非法审查。王立军和薄谷开来的矛盾越来越大。
2012年1月28日，薄熙来听取了王立军关于薄谷开来涉嫌杀人的汇报。次日，他斥责王立军诬陷薄谷开来，打了王立军耳光并摔碎茶杯。
王立军在回忆当时的场景时称，薄熙来对我进行打骂，实际上是用暴力进一步表明自己的态度，不让我继续对“11·15案件”进行调查。
当时也在场的时任重庆市公安局副局长郭维国的证言印证了王立军的说法：薄熙来把我也叫去，还当着我面打骂王立军、摔茶杯，也是在做样子给我看，目的是要震慑我，好让我别再说出薄谷开来有杀人嫌疑这样的话来。说白了，薄熙来就是用他的权力阻止公安机关继续对“11·15案件”进行侦查。郭维国在讯问笔录中称：“打了王立军，这个矛盾就公开化了。”
矛盾激化后，王立军当日即安排李阳等人重新调取证人证言，妥善保管尼尔·伍德心血等关键物证，重新整理薄谷开来涉嫌故意杀害尼尔·伍德的证据材料，并提供了其秘密录音资料。后又将整理的卷宗交由李阳等人转移、保管。
王智在讯问笔录中称：“1月29日，王立军把我和王鹏飞、李阳喊到他办公室，让我们重新整理‘11·15案件’卷宗。我们花了好几天时间制作了卷宗。王立军让我、王鹏飞和李阳分开保管，要放在安全的地方。”他还说：“我知道王立军当时和薄谷开来‘翻脸’了，不然王立军也不会让我们整理这些卷宗，他启动这个案子应该有他个人的目的。”
在打完王立军当天，薄熙来根据薄谷开来的要求，同意由时任重庆市委副秘书长兼办公厅主任吴文康对根据王立军授意以辞职信方式揭发薄谷开来杀人案的“11·15案件”承办人王智、王鹏飞进行调查。
