尽管根据法律规定，上级政府不能决定下级政府的机构设置，但“上下对口”却是不成文的惯例。所以，上级部门一有机构扩编的风吹草动，下级就会迅速作出类似的“纵向反应”。国务院医改办成立后，各地纷纷将医改办“做实”，增加编制。2011年，中编办批准了环保部核安全司扩编，从一个司增加到三个司，编制由38个增加到85个。2012年，四川就对核安全管理局进行了扩充，由一个处增加到3个处。
上一个5年里，扩编最厉害的要数海关和质检部门。几乎每个月，中编办都会发出同意某地设立海关和出入境检验局的通知。海关和出入境检验局虽然都在地方，但由于实行垂直管理，是海关总署和国家质检总局在地方的派出机构，因此需要中编办批准设立。
一个地方有无海关和出入境检验局，是显示这个地方外向型经济发展水平的重要标志，也是地方对外开放的形象窗口。因此，在申请设立海关和出入境检验局时，各地主要领导都不遗余力地赴京“跑部”运作。例如，陕西榆林每年都将申报海关作为市委、市政府的重点任务，主要领导亲自到京沟通。甘肃为了申报金昌海关，省党政主要领导都亲笔给海关总署和质检总局领导写信，并派常务副省长到京沟通。
据安徽《宣城日报》报道，为申报宣城海关，该市编办主任与中编办的电话“成了热线，每个星期不是电话就是信息”。而在跑办的过程中，相关人员也与中央部委工作人员“由工作关系、上下级关系，渐渐变成了朋友关系”。
严控之下的变通
南方周末记者了解到，部委增加内设机构的一般程序是，由本部门党组（委）研究提出，报中编办，中编办向中央相关领导请示并得到同意后，再以中编办的名义批准。
机构扩编后，一般会相应增加人员编制。司法部增设社区矫正局之后，就增加了一名司局级领导职数。但也有采取内部调剂的办法，中国法学会2008年增设了法律信息部，2012年，法律信息部向中编办申请增加人员编制，最后中编办同意从法学会内部进行调剂。
在国务院严控行政编制的态度下，一些机构行政扩编的想法不能实现，但它们也没有因此却步，而是采取了变通的方式，如设立事业单位，行使行政职能。
2011年11月1日，水利部新闻宣传中心正式成立，这是一个经中编办批准成立的正局级事业单位，下设4个处室。国务院各部委中，名义是事业单位、实际是行政机构的不在少数，如住建部的稽查办公室、国土部的土地整理中心等等。农业部的草原监理中心甚至还有草原执法功能，但也是事业单位。
这些“事业单位”的形成，可追溯到上世纪80年代的机构改革，为实现行政机构在数字上精简，中国地震局、中国气象局这些行政机构都被改为事业单位，此后成立的保监会、证监会、银监会，尽管具有行政监管职能，但也是事业单位，不过是“参公管理”。
由于事业单位设置门槛较低，久而久之就形成了“事业单位是个筐，什么都往里装”的做法。2008年，国家发改委成立了节能中心，2012年又成立了国家应对气候变化战略研究和国际合作中心，都是正局级事业单位，但后者一成立就受到了专家学者的质疑，因为其定位和职能与国家节能中心类似，多成立一个机构就多一份支出。
但事业单位的设置终归还是有限制，于是一些部门又采取了“挂靠”的方式，做进一步的变通。南方周末记者了解到，某部委的研究室至今未获批准，于是就挂靠在办公厅名下，但内设处室和人员已调整到位，对外也以研究室的名义进行活动，一旦时机成熟，就单设机构，独立出来。
