庭审过程中，在审判长的主持下，被告人薄熙来对起诉书指控涉嫌犯罪的事实作了陈述，对指控予以否认。公诉人和辩护人分别讯（询）问了被告人。证人徐明、王正刚、王立军出庭作证，控辩双方对证人进行了交叉询问。公诉人当庭播放了检察机关询问证人唐肖林、薄谷开来的同步录音录像，并出示书证，证人证言，被告人供述和辩解、亲笔供词，视听资料、电子数据等证据，分组进行了举证。控辩双方针锋相对，进行了对抗性质证。公诉人指出，被告人没有提出否认指控事实的证据，陈述、辩解中还存在许多相互矛盾的地方。法庭对薄熙来及其辩护人的发言申请均给予了许可，保证了被告人及其辩护人有充分时间发表意见。薄熙来当庭表示，感谢审判长公平公正，法庭审理是人道的、文明的。
法庭调查结束后，经审判长许可，控辩双方就案件事实、证据及法律适用等问题进行了法庭辩论。控辩双方就定罪、量刑的事实、证据和适用法律等问题发表了各自的意见。
济南市人民检察院在公诉意见书中指出，在几天的庭审中，被告人薄熙来不仅对有大量确凿证据证明的犯罪事实予以矢口否认，而且连自己庭前亲自书写的材料和亲笔供词也予以推翻；对滥用职权罪，被告人仅承认自己有错误、负有责任，但同样不承认犯罪。这足以说明其拒不认罪的态度。
公诉人强调，犯罪事实是客观的，并不随被告人的主观意志而转移；认定犯罪事实，是以全案证据为依据，而不是以被告人的口供为依据。公诉人向法庭提出，根据“宽严相济”的刑事政策和中华人民共和国法律，被告人罪行极其严重，又拒不认罪，被告人没有自首、坦白、检举揭发的情节，不具有法定从轻处罚情节，必须依法从严惩处。
