一位业内专家分析，200万元的合作项目，比较几十万元的国家课题，若涉嫌交换，看起来是亏本生意，但对于一所高校来说，国家级课题带来的更多是无形财富，包括个人晋升，学位点申请等评定在内，都需要曾承担过国家级课题这项硬指标，这是花钱都买不来的。
另有多位中国教科院员工向《中国新闻周刊》证实，以上诸多合作项目中的巨额科研经费和活动经费，从未以任何方式做过信息公开。
课题，让领导先拿
获得课题的不止合作单位。全规办领导成为近水楼台的受益者。袁振国和三位全规办副主任都成功申请到了课题。如果说，他们的确具备相当的科研能力，但他们一方面是申报者，一方面又是审批者，负责审批自己申报的课题。
按照《全国教育科学规划课题管理办法》，申请人同时只能申报一个课题，以往申报通过的课题，未结题前，不能再次申报。但据公开信息，全规办主任、中国教科院院长袁振国本人，就承担有多项课题，并且自2006年起，就没有结题记录。
除了全规办面向全国的课题外，中国教科院自行组织申报的公益金项目也颇受争议。
按照《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006～2020年)》，中央财政设立了“公益性科研院所基本科研业务费专项资金”(简称公益金)，以促进科研院所持续创新能力的提升。
2007年，中央教科所获得了首笔资金，共计380万。该院数位员工向《中国新闻周刊》证实，2009年前后，因科研经费违规使用，财政部中止拨款，一年后才得以恢复。但袁振国的解释是，“我们对公益金管理办法没有吃透。”
根据财政部《中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金管理办法(试行)》(财教〔2006〕288号，以下简称管理办法)规定，基本科研业务费项目的申报，由科研院所自行组织，原则上每年一次，每人或团队限申请一项，已获支持尚未结题的不能申请新项目，申请者年龄在40周岁及以下。”
然而，公开资料显示，2012年度，该院共有33人获得了43项公益金集体项目的立项，包括袁振国在内的10人拥有2项及以上课题，最多的竟达到4项，按照中国教科院公布的《关于2012年度基本科研业务费专项基金项目申报立项的通知》，每项负责人则掌握着10万至15万科研经费。
一位不愿透露姓名的知情人告诉《中国新闻周刊》，33名获得项目者中，30人为院领导和中层干部，大多数年龄已经超过40岁。
袁振国对此解释是，这是全国科研院所的通行做法，科研需要老中青三代合作，没有40岁以上科研人员传带作用，课题很难开展。
依据管理办法，课题项目和项目负责人的遴选，应当在科研院所的学术委员会评议后，按照科学民主的原则公开公平的选择，并对结果进行公示。不过，在中国教科院2012年度公益金项目中，该院25名学术委员会成员，除5名院外人士外，共有14名学术委员会成员获得了公益金项目。
按照规定，公益金项目课题分两次拨付经费，项目成员集体监督使用，最后经负责人签字报销。但多位中国教科院人士向《中国新闻周刊》证实，在2013年5月的全院大会上，院纪委书记史习琳发布通报，有人使用假机票行程单报销。
史习琳本人拒绝向《中国新闻周刊》证实此事，但袁振国承认确有用假的机票行程单报销的事情发生，“但科研人员不知情，我们已经把那些机票代售点列入黑名单”。
