一位申报人向《中国新闻周刊》透露，他于2008年申报了一个课题，未能通过，2010年再次申报时，他通过特殊渠道得知自己的得分排名靠前，但最终通过申报的名单仍然没有他的名字；更蹊跷的是，这个课题后来由另一个申报者成功申请。
但中国教科院院长、全规办主任袁振国接受《中国新闻周刊》采访时说，之所以会取消讨论环节，是考虑到这个过程中的人情因素很难控制。他否认专家对于投票结果不知情，“每组都有统计员，打分结果出来后会宣布。”
规则修改的内容，还包括结题鉴定费用的分配。原来每个课题需由课题人交3000元鉴定费，5名专家为一组，鉴定1个课题，每位评委的鉴定费是600元。修改后的规则是，5名专家共同鉴定5个课题，每位评委的鉴定费为1000至2000元。也就是说，一组5个课题共有15000元鉴定费，但仅支出5000-10000元专家评审费。“一年有400多个课题，剩下的钱去哪里了，没有人公开过”。知情人说。
袁振国表示，对此并不知情。
更让课题申请人感到蹊跷的是，按规定，成果鉴定所需经费从课题研究经费中支出，但课题负责人要在报送鉴定材料时先行垫付，垫付的方式只有一种：邮政汇款，收款人为全规办一名主管。多位申报人以及中国教科院员工均质疑，这是一种脱离财务监管的收款方式。
合作换课题?
对于普通院校教育工作者而言，国家级课题似乎遥不可及，但如果成为中国教科院的合作单位，就不算难事了。
从2008年起，中央教科所(2011年更名为中国教科院)与杭州下城区、成都青羊区、大连金州新区、深圳南山区、宁波鄞州区、重庆九龙坡区等6个地区签订合作协议，成立教育综合改革实验区，每个区的区政府每年向教科院支付200万科研经费，以及50万专家组活动经费。中央教科所则派出博士后或刚毕业入职工作的博士作为专家组成员，前往实验区开展科研项目并指导当地教育工作。
一位看过合作协议的知情人士透露，在协议条款中明确规定：院方帮助实验区申报一项全国教育科学规划课题。《中国新闻周刊》查阅2008年至2012年全国教育科学规划课题立项名单，上述6区的确都获得了至少一项国家级课题，每项国家级课题经费8万到12万不等。
袁振国对此回应称，实验区是通过正当途径申请到的课题，他们都有着良好的教育积淀，拿到课题也属正常，“在我们帮助下，实验区教育水平提高，他们申请到课题也是实验区成功的体现。”
以杭州市下城区为例，在该区与中央教科所签订协议的当年，下城区教育局和下城区教育研究发展中心分别获得一项国家级一般课题和一项教育部青年课题，分别是：《以教育生态理论促进区域教育现代化的实践研究》，和《基于非物质文化遗产的地方德育资源开发与利用研究》。前一项课题由教育局党委书记、局长主持。据该局官网资料，这项研究在当年全国8000余项申报课题中脱颖而出，成为68项国家级立项课题中唯一一个由县区级教育行政单位申报的课题，“这标志着我区教育生态理论研究取得重大突破”。
下城区教育局在次年下发的“下教研发(2009)2号”文件中专门提到：要加强与中央教科所、浙江大学等单位密切合作，整合资源，确保各类课题顺利推进。这一年，下城区再获两项国家级课题。
据该局公开信息，2012年4月，这个课题的结题鉴定会在下城区行政中心举行，全规办主任袁振国、副主任刘贵华等组成鉴定组对该课题进行了评议与鉴定，袁振国还在会上代表专家鉴定组亲自宣读了鉴定意见，顺利结题。
另一项合作也颇受业内质疑。2009年，杭州师范大学与中央教科所签订了《国际教师学习与发展研究》协议，项目为期两年半，由杭州师范大学提供200万元的科研经费。
自此之后，杭州师范大学迎来了国家级课题丰收季。2009年一年，杭州师范大学就获得了5个课题，其中1个国家级一般课题，其余均为教育部重点课题。根据全规办公布的2006-2012年立项信息，这是杭州师范大学第一次获得国家级课题。
据《中国新闻周刊》统计，自2009年签订合作协议至今，杭州师范大学共获得6个国家级课题，8个教育部课题。值得一提的是，国家级重点课题每年仅10项左右，绝大部分获得者来自211名校，而杭州师范大学不在此列，却分别于2010年和2012年各获得一次国家级重点课题，分别是《农村教师发展状况和保障机制研究》和《高中阶段的教育发展战略研究》。
上述知情人士透露，杭州师范大学每年会请中国教科院《国际教师学习与发展研究》课题组的成员赴杭州一至两次参加活动，并向袁振国请教申请如何国家级课题，袁也会给予建议。
