同时，按照规定，项目的示范工程应该由地方财政配套或者企业投入，但实际操作的时候，地方财政始终无法落实相关费用，企业也不愿出钱，“课题组只能通过高博公司和波易公司从国拨资金中寻求支持”。
记者在走访浙江大学环境与资源学院时，也听到了类似的看法。一位不愿意透露姓名的教师表示，陈英旭的出事更多的是因为科研经费的体制问题，“你想想，2009年把钱拨出来，2010年让你结题把钱花光，这肯定不科学。我们做课题也碰到过这样的问题，也是要自己掏钱。有些项目还好，资金到位之前，先垫付，账挂着，资金到位之后，我们可以把这个钱还掉，但是像他这个大项目，很容易出事。”
有关重大专项科研经费管理的《民口科技重大专项资金管理暂行办法》是2009年9月才出台。而有关垫付和归垫的规定《关于加强和规范民口科技重大专项资金垫付与归垫管理有关事项的通知》是2010年11月出台，有关验收的文件《水体污染控制与治理科技重大专项验收暂行管理细则》则是在2011年7月出台征求意见稿。
戴梦华认为，法律的滞后和实际操作过程中的种种问题，才导致了苕溪课题组最终出现科研经费的问题，“从中央到地方，从科研院所到各类学术机构，在项目科研经费使用上不合规的并非个别现象，这与经费使用管理制度缺乏和滞后有关”。
据了解，陈英旭因科研经费使用移交司法机关后，太湖流域治污课题目前由浙大移交给他的同事徐向阳教授接手，徐向阳拒绝了中国青年报记者的采访。陈英旭苕溪课题的研究团队中，首席科学家为浙江大学副校长张土乔，他也婉拒了记者的采访。
中国青年报记者还走访了杭州市西湖区人民检察院、杭州市人民检察院，并电话联系了杭州市人民法院，它们都拒绝对此案置评。
目前该案一审仍未宣判。
苕溪课题与太湖治污
陈英旭团队的“太湖流域苕溪农业面源污染河流综合整治技术集成与示范工程”(以下简称“苕溪课题”)获得立项，初衷是为太湖水体污染控制与治理提供强有力的科技支撑，“与国家和地方太湖流域水环境综合治理的重大工程相结合”。
苕溪位于浙江省北部，是浙江八大水系之一，在湖州市北白雀塘桥注入太湖，历史上曾以风光优美著称。可是自上世纪八十年代初起，苕溪上游一些工矿企业的不合法经营，将未经处理的工业废水直接排入溪水中。生活废水也越来越多地排入，造成了溪水的严重污染，污水也直接注入了太湖。
太湖是中国遭受污染程度最严重的大型湖泊之一。近年来，太湖水域多次蓝藻暴发使沿湖地区陷入水危机。太湖治污，一直是当地的一项重要工作。
