打破常规之后
在审批运作程序时因打破常规带来的一些疏漏，成为开工之后工作组面临的挑战。
比如在国家发改委《关于湖南省潇水涔天河水库扩建工程可行性研究报告的批复》(发改农经【2012】1902号)中，这一项目需要搬迁安置21800人，全部为农村人口。
而本刊记者在水口镇了解到另一种说法。这个被全部淹没的镇有数千人口，被整体搬迁，而作为老县城所在地，居民大多是城镇户口。他们不同于大山深处的林农，基本依门面为生。而城镇户口和农村人口的移民补偿标准不同，这两种算法，将使得补偿成本总额与实际情况出现差距。
还比如，按照规则，国家发改委审批的项目初步设计包含了征地补偿、移民等各种费用，而这则基于相关部门根据国务院《大中型水利水电工程建设征地补偿和移民安置条例》进行实物调查，这种调查必须得到被调查者认可，并公示。
而现实情况不一定是这样。
一位江华县干部向本刊记者介绍说，他曾在2013年年初听取了县工作组的情况汇报，颇感惊讶。以被淹没的水电站处置为例，库区工作开展分为两个阶段，一是永州市直接负责阶段，二是江华县包干负责阶段。但是，“在永州市直接负责阶段，为了涔天河水库扩建工程的《可研报告》能顺利审核通过，省设计院在《可研报告》中涉及的被淹电站原投资、装机容量、建设时间等有关数据，在没有进行实物指标公示的情况下直接进行了采用，这给处置工作的其他环节带来了极大的隐患。此后，省设计院专家认为被淹电站的原投资难以核实，曾建议对被淹电站进行资产评估，但因多方面的原因，省市没有采纳此建议。”
在江华县包干负责阶段，2012年6月初处置工作组开始开展工作后，发现省设计院在《可研报告》中采用的有关数据与实际情况有出入。小水电处置工作组立即将此情况向省市县有关领导和专家进行了汇报，要求将有关数据重新确认后向电站业主进行公示。这一建议没被采纳。因为当时目的是尽快让初步设计报告通过国家发改委审批。
初步设计报告通过审批后，各种数据是不能更改的。这一初步设计报告，已见诸于国家发展改革委国家投资项目评审中心【2013】463号文件《湖南省潇水涔天河水库扩建工程初步设计概算评审意见》等文件。
如今，时过境迁。一位被淹没小水电站股东说，他们并没有见到有人找他们进行实物调查确认，“国家关注项目成本问题，报告的时候，把成本数字做低一些，这样有助于在国家发改委审批通过。”
但是，申报时被压低的成本最终仍然要支出，这又加剧了资金压力。
创新土地置换模式的难题
这个项目最大的亮点，是设计中新增的25.8万亩耕地。除了帮助长株潭建没用地实现占补平衡，这些将要新开垦的土地本身如何处理呢？
名叫张华兵的扩建工程指挥部干部撰文畅想：“当总长近900公里(现有261公里)的渠道在湘南大地全部铺开后，河水引上了山岗，荒芜的土地被大规模唤醒，湘南农业开发将呈现出怎样的新面貌？”
但他也说：“不容否认，由于农业生产效益偏低，现有的耕地中，还有相当一部分处于抛荒状态。会不会出现把这20多万亩土地开发出来继续晒太阳的现象呢？ ”
2011年9月，在涔天河工程指挥部组建之初，永州相关领导提出：“整个工程不仅是要建成湖南水利工程建设的样板，也应该是土地整理、土地开发的样板，新农村建设、湘南农业现代化的样板。要考虑引进农业龙头企业进行规模经营。”
这意味着，在这新开垦的20多万亩耕地上，将主要采取引进规模化农业企业经营的模式。
由此，永州市推出了一个移民政策“6+3+5”，即给搬迁出来的林农按照“人均水田0.6亩，旱土0.3亩、林地0.5亩”的标准配置生产用地。不过，由于这些土地大都远离移民居住点，因此将采取土地流转的方式：移民将“6+3+5”集中流转给项目法人或其他农业开发公司，按当地土地流转的市场价格计算流转收益，由项目法人逐年拨付给移民户口所在地的县级移民管理部门，再由移民管理部门兑现给移民。
