进入新世纪之初，我与朋友们组成了一个松散的国家基本制度建设研究群体。如果我早期的研究偏重国家汲取能力的话，这时提出的“国家基本制度”内涵更丰富、更全面。这个研究群体包括胡鞍钢（清华大学）、周建明（上海社科院）、曹锦清（华东理工大学）、朱云汉（台湾大学）、史天健（美国杜克大学）、高柏（美国杜克大学）、王希（美国宾州印第安纳大学）、郑永年（新加坡国立大学东亚研究所）、王辉（美国兰德公司研究院公共政策博士）、康晓光（中国人民大学）等。在研究中国问题的同时，我们进行了大量历史与比较研究。例如，以前谈汲取能力，我偏重的是财政收入问题；这时我将注意力转向财政支出问题，提出预算的必要性与重要性。由财政部长项怀诚作序，我出版了《美国进步时代的启示》（中国财政经济出版社，2002年）。这个群体前前后后运作了四、五年，出版了一系列书籍、文章与报告，如《第二次转型：国家制度建设》（清华大学出版社，2003年第一版、2009年增订版）。
2005年以后，我的研究更加偏向于探索转型的方向，既包括经济转型、社会转型的方向，也包括政治转型的方向。关于经济、社会转型，我分别出版了《安邦之道：国家转型的目标与途径》（三联出版社，2007）；《波兰尼<大转型>与中国的大转型》（北京：三联书店，2012年）。这方面我的基本论点是，市场经济只是实现社会主义目标的手段之一，绝不能把市场本身变成目的，绝不能让市场原则渗透到社会生活中去。关于政治转型，我出版了《民主四讲》（北京：三联书店，2008年）；《祛魅与超越：反思民主、自由、平等、公民社会》（北京：中信出版社，2009；香港：香港三联书店，2010）；并将会出版两本译文集，一本是《超于选主：对现代民主制度的反思》，另一本是《失而复得的民主利器：抽选》。这方面我的基本论点是，所谓代议制民主是金丝鸟笼式民主，正面临严重危机；社会主义国家完全可以超越它，实现真正让人民当家作主的大众民主。
总的来说，过去20年里，我的思考一直在与“别无选择”说、“历史终结”说辩争。在我看来，人类历史无论在什么意义上都不可能终结，人类社会永远可以做出新的选择。在反思全球化的运动有一个口号似乎更靠谱，它叫作“拒绝单一选项，拥抱无限空间；另一种世界是可能的”（One no, many yeses; another world is possible）。这里被拒绝的就是撒切尔们、福山们鼓吹的经济与政治的自由主义。今天，虽然撒切尔的“别无选择”说、福山的“历史终结”说已成为学界与思想界的笑柄，但其变种仍花样翻新，不断出现，美其名曰“宪政”、“普世价值”、“现代性”。因此，我的未来20年仍有很多事情要做。
