这就是我当时研究国家能力的时代背景。回到中国问题上，当时海外有一批人（如李湘鲁、张欣、杨小凯）鼓吹，为了民主转型，哪怕国家分裂也在所不惜。国内外那“黑云压城城欲摧”的形势促使我思考，中国将向何去？世界将向何去？
经过一段时间的思考，我于1991年2月发表了一篇论文，题为“建立一个强有力的民主国家：兼论国家能力与政权形式的区别”。它马上在海外引起长达数年的争议。几位原来的朋友（如李少民、李三元）对我的观点持强烈的反对态度，认为不应在没有实现民主的情况下，谈国家能力问题。而我的看法正好相反：没有一定的国家能力，民主难以实现。我与耶鲁大学同事、俄罗斯问题专家Yitzhak Brudny，以及犹他大学的童燕齐教授一度筹备组织会议，专门讨论国家能力与民主转型的关系。1992年初，我随耶鲁大学代表团去俄罗斯推广民主，但在俄罗斯目睹的惨状更使我坚定了自己的看法：国家能力是实现民主的前提条件之一。
为此，我在海外刊物上发表一系列文章，如1992年2月发表的“你到底要什么：苏联还是中国模式？”1992年3月发表的“短痛、壕堑与惊险的一跳：关于萨克斯的‘休克疗法’”与“求稳怕乱的新保守思潮”；1992年8月发表的“‘保守’与‘保守主义’”等。
正好在这段时间，胡鞍钢来到耶鲁大学经济系进行博士后研究。我俩一拍即合，在合作中，各自向对方取长补短。1993年5月，胡鞍钢返回国内；6月中旬，我俩发表了《加强中央在市场经济转型中的主导作用——关于中国国家能力的研究报告》。后来正式出版时，标题改为《中国国家能力报告》。
我一直在与“别无选择”说、“历史终结”说辩争
回想起来，在九十年代头几年，国家能力与转型的关系一直是我研究的重点。直到几年以后，西方主流学者才认识到国家能力在转型中的重要性。芝加哥大学教授斯蒂芬 霍尔姆斯于1997年在《美国前景》双月刊上发表了一篇文章，题为“俄国给我们的教训是什么：弱政府如何威胁自由？”。两年后，霍尔姆斯又与芝加哥大学法学教授桑斯坦出版了一本书，题为《权利的成本：为什么自由依赖于税收》。到曾一度坚信历史已经终结的福山也认识到国家能力的重要性时（以他于2004年出版《国家建设：21世纪的治理与全球秩序》为标志》），这种看法已在西方主流学界几乎成为共识了。
在九十年代初研究国家能力时，我关注的重点是转型的方式。我反对盲目冒进，主张稳扎稳打。到九十年代下半叶，我开始质疑转型的方向，分别出版了挑战分权神话的《分权的底限》（计划出版社，1997）；挑战市场神话的《挑战市场神话》（牛津大学出版社，1997）和《政府与市场》（计划出版社，2000）；挑战公民社会神话的《多元与统一：第三部门国际比较研究》（浙江人民出版社，1999）。
