但宋美龄从上海回南京后，极力反对讨伐，她说：“战争开始之后，蒋介石不为其亲自统帅的陆空军轰炸所误中而死，亦将被张、杨军队杀害。”12月14日，应宋美龄等人的要求，孔祥熙召开高级会议，讨论军队讨伐前，如何采用和平方法营救蒋介石。在宋美龄的劝导下，会上大多数人都转了向，主张和平营救，戴季陶最终也改变主意。在这次会议上，戴季陶向大家跪着磕响头说：“我是信佛的，主张先进行和平营救，和平营救无效，再进行武力讨伐。”说完又叩了一个响头，退了席。与会者都看见这一幕，特别是反对和平手段的人，知戴季陶转了向，也不再提反对意见了。
自感大势已去，服安眠药自杀抗日战争胜利后，蒋介石一连三次发电报邀请毛泽东来重庆谈判。毛泽东到重庆的第三天（即9月3日）就到“桃园”拜访戴季陶。毛泽东对戴季陶是很了解的，在第一次国共合作时期，两人就在广州共过事，后来因政见不同分了手。毛泽东对跟随他的人说，不能只拜访国民党左派，还要拜访国民党右派，因为在国民党中掌权的是右派，要解决问题还要找右派。毛泽东的突然到来，使戴季陶措手不及，局促不安，他万没想到毛泽东会来看他。
但戴季陶对毛泽东来到重庆和对他的拜访，“表示敬重”，并对毛泽东的重庆之行“寄予热切的期望”。为尽地主之谊，他还请张治中代约时间宴请毛泽东，他在邀请信中说：“……前日毛先生惠访，未得畅聆教言，深以为歉！……一别二十年，一切国民所感受之苦难之解决，均系于毛先生此次之欣然惠临重庆，不可不一聚也。”9月30日晚，毛泽东、周恩来等人应邀出席了戴季陶的宴会。席间，他们仅叙往年共事之友情，不谈其他的敏感话题。
1946年春，戴季陶随国民政府从山城重庆还都南京，他率属员返抵原考试院旧址办公。这时该地呈现一片破败不堪的景象，使他感叹不已。1947年6月南京国民政府改组，他继续任考试院院长。此间，他的神经衰弱症复发，整日郁郁寡欢。内战爆发后，他认为共产党的势力日益发展壮大，会取代国民党。为此他向蒋介石进言：“今兹倭寇降而共匪炽，正与捻匪当年局势无殊，故战后艰难将十倍于战时，不可掉以轻心。”他极力反对国共谈判，曾对蒋介石说“切不可视共产党为合法之团体，匪首为正当之人物，言论为正当之道理”。 三大战役结束后，国民党的精锐部队全部丧失，戴季陶非常痛心，向左右哀叹：“时局日下，衰病之身，毫无所补，每一念及，则深惶汗。”
1949 年1 月21 日，蒋介石被迫下野，辞去总统职务。蒋介石下野后不久，就布置党政军要员撤往台湾。当有关人员通知戴季陶去台时，他一口拒绝：“不去了，但愿回四川老家以竟终年，伴父母于九泉，尽人子之责。”1949 年2 月10 日，他对秘书说：“国军难以据守西南，四川必为共产党所得。他们不会放过我，我也不甘当他们的阶下囚。”身病加心病的戴季陶，既不愿随蒋介石残喘台湾，又怕成为共产党的俘虏。1949 年2 月11 日，他终于吞服安眠药自杀。
