通过选举后经中央人民政府人民的行政长官是香港特别行政区的代表，基本法第48条规定了行政长官的职权主要有：执法权、行政管理权、部分立法方面的权利。尽管香港特别行政区的长官责任重大，从新政制的地位看以行政长官为首长的行政处于“主导地位”，但毕竟不同于旧政制中的总督。行政长官不仅要对中央人民政府负责，还要对立法会和香港特别行政区居民负责。行政长官主要职权在于行政、在行使权利时还要受到其他机构制约和监督。97后香港特别行政区的行政机关是香港特别行政区政府。政府设政务司、财政司、律政司和各局、处、署。政府在行政长官的领导下，负责制定和执行政策；管理各项行政事务；编制并提出财政预算和决算，拟定议案等。与就政制相比，香港特区政府的法律地位十分明确，她说作为执行行政的一个独立的机关，而不是象旧政制中总督直辖下的机构。

　　从中央提出“一国两制”方略开始到要保持香港长期繁荣稳定，就是要理顺香港社会内部的政治关系以及中央与香港的关系，前者要照顾工商界的政治利益，后者要确保爱国者治港。香港回归之后，无论是关于居港权的“人大”释法，还是关于香港政制发展问题的决定，中央都是从维护香港繁荣稳定这个最高的政治原则来思考香港治理。

　　全国人大常委会在2004年和2007年关于香港政制发展的两次决定中，都将均衡参与、循序渐进作为香港政制发展的基本原则，同时明确功能议席与直选议席各占一半，从而维护工商专业界的政治地位。2007年12月29日，香港回归十年之后，全国人大常委会做出了关于香港政制发展问题的决定，明确香港可以在2017年普选行政长官；待普选行政长官之后，可以普选立法会。