谈判如期进行后，焦点还是围绕着对已回籍守制的云南巡抚岑毓英的处理。威妥玛相信，幕后必有大老虎主使，甚或母老虎也未可知。“现在滇案所办不实，如止办野人，我不答应；如止办李珍国及吴同知等（吴启亮，作者注），我不答应；如止办岑抚台，我亦不答应。”如此，他的矛头已是直指总理衙门和慈禧太后了。李鸿章表示，仅仅出于怀疑和无根据的指控，无权把岑毓英等云南当地官员解往北京。作为中国政府，没有理由不相信专程赴滇调查的钦差报告。既然威妥玛坚持要将岑毓英等人提京审问，请书面提出犯罪证据。
此时的赫德，与威妥玛的矛盾愈演愈烈，“威使因新关近事，颇与龃龉，此来未得晤谈”，“有信与威，亦未见覆，二十余年交情忽尔反面，殊不可解。”两人话也不说，信也不回，关系已然恶化。因此，尽管赫德越来越觉得威妥玛的偏激态度非常危险，有可能将两国拖入战争的深渊，他却力不从心！因为他已不能再充当中英之间的“调停者”，而只能充当李鸿章的外交顾问了。
到底是赫德，他又有了新的想法，能不能促成英国政府，派一个特别使团过来，代替威妥玛？说干就干，他致电身在伦敦的金登干，让他推动报纸建议和鼓吹派特别使团来华进行中英滇案交涉。考虑到英国人对中国实在太不了解，所有一切都受威妥玛摆布，赫德亲自动笔，用化名起草了一些报道客观真相的电讯稿，让金登干在英国找报纸发表，试图通过舆情影响政界。
金登干立刻回复赫德，想法很好，可能不大。确实，英国人最关心发生在欧洲家门口的事，“对战争的忧虑和准备仅限于中国的报纸。英国报界一般对于中国形势无知、毫不关心、沉默、不为所动，完全埋头于土耳其问题。” 要么就是另一个极端，“报纸上充斥着来自中国的耸人听闻的电讯”。
赫德一心要在英国国内造出对威妥玛不利的舆论。也真亏了他想得出来，不登就不登，干脆，由海关自己出钱，在伦敦办一份报纸得了！可是新办一份报纸耗时太长，为此，金登干特地去拜访了老朋友——《泰晤士报》记者威廉·霍华德·拉塞尔（William Howard Russell）。作为当时世界上最出名的记者，拉塞尔先生神通广大，何况他的儿子便是由伦敦办事处录取到中国海关工作的。
巧合的是，这时正好有一家名为《联合公务报》的周报在托拉塞尔兜售。机不可失，金登干急忙致信赫德请示：“要资助一家报纸，即便可能，每年的开销也得成千上万，……但拉塞尔先生现在的建议不同。他愿意当报纸名义上的业主，而不必透露该报是中国政府的机关报。我觉得《联合公务报》的名称不合适，他说可加上一个恰当的名称——如《东方实录》之类。他保证能把报纸办成中国和其他东方问题的权威。……我觉得，如果您愿意办一份由您支配的报纸，那么，失去这个机会您会感到可惜的。”
赫德当然愿意办一份由他支配的报纸，不久，金登干根据赫德的指令，花了2000英镑买下该周报。不过，变化比计划快，没等那些宣传报道发挥作用，中英谈判便取得了突飞猛进的发展。由于清廷历来如此的习惯性退让，威妥玛顺势“转请本国结案，不必再说将岑毓英提京”。因缺乏相关的史料，具体的谈判进程已经无从得知。我们所能了解的，是“李鸿章不断就威妥玛所要求各节同赫德相商”， 他在“口岸”免厘及增开口岸两个问题上进行了较多的争辩，使英国没能如愿以偿。
1876年9月13日，烟台东海关税务司公署。从同治谈到光绪，随着李鸿章与威妥玛分别在中英文各四份的文本上画押，这场旷日持久的滇案交涉终于到了落幕的时刻。在《烟台条约》所有各项条款中，除“昭雪滇案”，给英赔付“恤款”20万两和派使臣赴英“谢罪”外，还规定：英国如派探路队从北京经甘肃、青海赴西藏，或经四川入藏，或由印度来藏，总理衙门应根据情况发给护照，或令西藏地方当局派员照料。中国西南的大门到底还是被英国人打开了，马嘉理可谓死得其所。