赫德“大吃一惊”，他没想到日意格隐藏得如此之深，甚至连合同都签好了！他却被“蒙在鼓里如此之久”。愤懑之余，赫德告诉日意格：“他最好是以与海关相联系的方式，而不是以与海关相脱离的方式，去实现他的目标。”面对挽留，日意格直言他不喜欢受赫德的掣肘和束缚，“希望开创一个独立的事业！”
话不投机，双方达成的唯一协议是日意格在明年三月份之前，不考虑离开海关。
仅仅过了一个多月，“这位有野心的法国下属”再次让赫德不爽。因日意格在湖州战役中的特殊贡献，左宗棠为其争取到正二品的总兵衔，而赫德才是文官三品。尽管武官官阶被认为低于文官官阶，但赫德还是感到情何以堪。罢了罢了，天要下雨娘要嫁人，随他去吧。
在左宗棠的呼吁下，清廷很快谕示：“所需经费即着在闽海关税内酌量提用。所陈各条，均着照议办理。”
闽海关为仅次于江海关的富关，经费保障自然不在话下。有了人和钱，下面就是选址。左宗棠在日意格和德克碑的陪同下，亲自勘察，最终选定福州下游40里的罗星塔马尾山下，该处闽江水深7米，实乃建设造船厂的理想地址。
1866年8月19日，由闽海关拨出40万两作为开办费，中国近代第一个新式造船厂——福州船政局在马尾成立。当年“常捷军”的正副统领，应邀来总揽船政一切大小事务，只不过他们的先后排名调了个个儿，日意格担任船政正监督，德克碑任副监督。
赫德犹有不甘，授意他的下属福州税务司美理登出面搅局。美理登遂散布流言，指责日意格想把法国卷入到中国一个有风险的计划中去，致使法国决策人士产生了“船厂的冒险失败会给法国带来麻烦”的担忧。日意格据理力争，通过多种渠道阐明与中国进行合作，将有助于法国的利益。最终，法国政府同意日意格以官方身份参与福建船政工作，准予派遣技术人员及出口机器设备。
就在方圆数里的马江之滨桩声震耳，船政基础建设如火如荼时，左宗棠接到了转补陕甘总督的圣谕，赴任前，他将其未竟的事业，交给了林则徐女婿，时为江西巡抚的沈葆桢。是年底，左宗棠离开榕城北上履职，日意格、德克碑也取道香港乘船前往法国，为建厂和造船采办机器、雇用技术员工。
在总理船政大臣沈葆桢的苦心经营下，船政事业蒸蒸日上。这当然与船政正监督日意格的全力辅弼分不开。他忠实地履行职责，除了不辞劳苦地屡赴法国及东南亚各国采购机器设备和原材料，还在建厂造船事宜方面调度得法，统揽了头绪万端的大小事务。沈葆桢称赞他“常任工所，每日巳、午、未三刻辄到局中与员绅会商，其勤恳已可概见”。
眼见日意格的船政事业风生水起，赫德的态度也起了微妙的变化。他综合“考虑了所有的情况，希望这个计划能顺利进行”。1867年6月27日，他在给巡工司福勃士的信中，这样写道：“日意格聪明能干，中文讲得好。他是法国人，好胜心强，又不看重金钱。德克碑虽不是显贵，却是出生于一个好的法国家庭。他可以为日意格争取到他本人得不到的支持，但从个人上说，他并没有特殊能力。
现在中国就要把舢板船改为轮船，他们必须学习造船和航海技术。而且起步越快越好。日意格的计划很及时，尽管费用很高，但我希望计划成功！”
看来赫德并不是言不由衷，他在信的结尾，热情洋溢地鼓吹造船的种种好处：“随着造船业的发展，也就需要铁和煤，也就需要开采矿产，也就需要铁路、电报、造币，最后中国就需要对一切进行改革。这样，日意格的计划就是个萌芽，会发芽，结花蕾……”
经过三年的努力，这座远东首屈一指的船厂结出了第一颗果实。1869年7月，排水量达1370吨的第一号轮船下水。船政大臣沈葆桢亲自命名为“万年清”号，（英文译名Wan Nien Ch’ing）寓意大清江山万年长青。“沈又亲自率厂正监日意格出海试航成功。10月该轮迳驶天津。清廷总理衙门派三口（津、宁、沪）大臣会同验收”。
大清国产第一舰“万年清”标志着中国制造蒸汽轮船的真正开始，意味着与世界先进造船国家的差距大大拉近。朝廷也没有亏待日意格，他的月薪高达1000两白银，比沈葆桢还多400两！ 5年合同完成后，日意格更是获得20万法郎的奖金，这在当时可是一笔巨款。正如他给一位朋友信中所说：“我带了一大笔钱回法国。”除了物质奖励外，日意格先生还因功勋卓著，先后被授提督，赏加一品衔，一等男爵，一等宝星（嵌有宝石金质奖章），当然，还有一件他爱不释身的黄马褂。
