“二·二八”之后，台湾人从渴望重建，充满希望的乐观，变成痛苦失望，充满恐惧悲苦。这个悲苦的调子，主导了战后的台湾反抗运动，直到20世纪结束，还未停止。
事变后，国民党当局也了解镇压过了头，民怨积压太重，为了缓和紧张关系，且为了内战的需要，很快调走二十一师，在大陆招募比较年轻的青年军来台，试图改善。但政府仍在台湾展开“清乡运动”到处搜捕。参与反抗的各地领袖，有不少人被逮捕枪决，其余参与者则遭到通缉。台中的领袖谢雪红及其干部，台北市处理委员会的一些领导者，有多人流亡至香港，再转大陆，投靠旅居大陆的台湾人。他们不甘心，乃决定组成一个长期性的组织，在海外进行反国民党的运动，于是有了“台湾民主自治同盟”的成立。
然而，历经如此重大的镇压屠杀，参与者又是如此之众，就算国民党当局清乡，也不可能逮捕净尽，沸腾的民怨岂能一时平息？更多的幸存者岂能恍若无事？
人们开始思考如何反抗暴政，打倒国民党当局。当人们的目光转而凝视中国的现实，一场内战的风暴也正在中国展开。整个台湾反抗运动，于是走向下一个阶段。台湾民众认知到有“两个祖国”，一个是国民党的“白色祖国”，一个是共产党的“红色祖国”。台湾自日据时期即有农民组合、文化协会、台共等左翼社会运动组织，虽然有一些领导者流亡大陆，但台湾的社会基础仍在，在反抗暴政的前提下，台湾的反抗运动与大陆合流，成为国共战争的一环。像农民组合领袖简吉，就担任中共地下党的山地委员会负责人。
“二·二八”的结果，是让反抗运动彻底走入地下，并与国共之争合流。
到了1949年底，国民党当局从大陆溃败迁台，为了保住台湾，蒋介石展开新一轮的清乡，大量逮捕所谓“匪谍”嫌疑者。在“宁可错杀一百，不可放过一人”的原则下，所有与地下党有往来的人，不管知情与否，一律牵连逮捕。举凡青年读书会、被密告思想有问题的人、嫌疑人联络过的亲戚朋友等，都被逮捕入狱，株连之广，手段之残忍，让整个社会陷入恐怖。有些青年只是阅读1930年代鲁迅、沈从文小说，被密告，即被判感化3年，期满再加3年，坐了6年的牢，连一个罪名都没有。
当时“白色恐怖”这名词还未出现，人们无以名之，并且这些被逮捕者大多与“二·二八”有牵连，从民间角度看，这整个历史是延续的。民间于是以“‘二·二八’事件”为“二·二八”到白色恐怖的这一段历史命名。这便是为什么“二·二八”事件的受难者被形容为数万人的原因。因为和白色恐怖时期的受难者相加，确实超过数万人。
1950年代后，戒严体制镇压了所有异议的声音，“二·二八”成为一个禁忌的名词，不许民间或任何媒体加以讨论。然而这是一个暗伤，一个永远无法痊愈的伤口，它是台湾人心中永远的痛。只要召唤它，那百年来被压抑在地底的无奈与悲苦便倾泻而出，召唤出集体的伤痛，进而凝聚出力量。乃至于1970年代的党外运动，1980年代的民主运动，“二·二八”事件都是反对运动的政治动力。
直到台湾的民主化逐步实现，“二·二八”事件的真相逐步公开，整个社会终于直面了这一段历史。1995年，李登辉政府向所有“二·二八”受难者及家属公开道歉，同时公布《“二·二八”事件处理及补偿条例》以公开立法赔偿受难者和家属。整个“二·二八”事件的伤痛，才慢慢平息。
