南京的明代神道石刻。图为半埋在土中的岗子村失名墓神道拉马侍（资料图）
军事方面，明代军事分别由兵部和五军都督府管辖。朱元璋本是农民起义中的一名将领，后来逐渐成为军事统帅，最后又依仗自己所掌握的军事力量建立明朝，取得全国的统治。因此他十分重视军权，尤其不忘对军队的控制。洪武十三年（1380年），朱元璋为了防止武将擅权，将军权一分为五，设中、左、右、前、后五军都督府，统领军队，负责分领京师和外地的都司、卫所，与六部中的兵部同为中央最高军事统御机构，共掌军事。兵部与五军都督府“合之则呼吸相通，分之则犬牙相制”，它们之间并非从属的关系，而是各有所司。“兵部有出兵之令，而无统兵之权，五军有统兵之权，而无出兵之令。”也就是都督府只管军籍和军政，负责军队的管理和训练，没有指挥和统率军队的权力；兵部虽有颁发军令、铨选军官之权，也不能直接指挥和统率军队。如遇战事，需要由皇帝作出决定，兵部才能颁发调兵命令，再由皇帝亲自任命军事统帅，然后统率从各卫所调集的军队作战。战事完毕，军归卫所，主帅还印。这样总指挥权和统帅任命权操纵在皇帝之手，而军籍、军政的管理和军队的调拨、指挥权分离开了，造成将不专军，军不私将，从而可以避免悍将跋扈、骄兵叛变的现象，增强皇帝对全国的统治。
监察方面，洪武十三年（1380年）罢御史台，洪武十五年（1382年）改置都察院，洪武十七年（1384年）定都察院官制，以都御史为正二品，与行政方面的六部尚书品级相同，保障了监察权与行政权的同等地位。朱元璋设立都察院的目的很明确，就是要监察百官。明代都察院权力很大，不但有监察权，还有司法权和行政权，甚至还有军事指挥权。其监察权主要是通过十三道监察御史来行使。都察院的司法权主要体现在“三司会审”上。明洪武十四年（1381年）规定遇有重大、疑难案件由刑部尚书、大理寺卿和都察院左都御史三法司长官共同审理，最后由皇帝裁决。三司会审不是终审判决，最后须由皇帝做裁决，才能生效。遇有特大案件，则实行“九卿会审”制度。明代本来在地方实行三司分权，明太祖改行中书省为承宣布政使司，统管地方民政和财政，设提刑按察使司管理司法，设都指挥使司指挥军队。三司各行其职，互不统辖，都直接归中央有关部门管辖。但都察院的都御史外派为总督、巡抚时，却可以节制三司，抚循地方，考察官吏，提督军务。
明代的“三府分立”虽是为了加强皇权而设，但在皇权专政的前提下，也起到了分权的作用，有利于国家权力更好地运行，在一定程度上起到了维护封建统治的作用。但在后来的实际操作中，“三府分立”却受到了宦官专权的严重挑战。“三府分立”的前提是皇帝的英明决断，但明中后期，皇帝大多不理朝政，朝政被宦官把持，太监通过替皇帝照阁票批行操纵内阁从而掌握了行政权，由太监掌控的厂卫具有超越刑部和大理寺的司法审判权，此外，皇帝派往各地的镇守太监可以随意干涉地方军政事务，“三府分立”并没有得到很好的执行。