早在西藏地方政府叛国集团密谋发动叛乱之际，毛泽东对达赖可能出走或被叛乱分子劫持出走已有预测。为此，当达赖被噶厦集团软禁后于3月11日给谭冠三写信说明自己的处境时，毛泽东曾致电中央：“以谭冠三的名义答复达赖一封信很好，如有复信，应再复一封，以后礼尚往来，可再给信。这些信准备将来发表，无非是等待叛国分子、分裂分子悔悟回头。希望达赖本着历次诺言，与中央一心平息叛乱。”
西藏工委遵照毛泽东的指示，将达赖与谭冠三往复的6封信印发后在人民群众中广为散发。许多藏族群众看到信后了解了达赖被劫持的事实真相极为气愤，强烈要求对叛乱分子予以打击。
就在人民解放军大部队从青藏、川藏公路两个方向紧急入藏，西藏军区部队准备对叛军进行反击之际，达赖及其随同人员在警卫藏军的护拥下，离开拉萨，去往山南，以后又从那里又去了印度，组织“流亡政府”，进行分裂祖国和人民的勾当。
3月20日凌晨5时，面对叛军的疯狂进攻，谭冠三在未接到中央答复前再次主持召开了紧急会议，首先分析了当前拉萨敌我形势，研究到底是反击还是不反击。最后决定进行反击作战。部署是：将驻拉萨的2个步兵团、1个装甲连、1个炮兵团按统一计划，首先保卫拉萨大桥，西藏自治区筹备委员会，西藏军区机关，西郊第49医院。然后集中兵力于10时发起反击，占领药王山后，炮击罗布林卡。并立即将反击方案和炮击罗布林卡的计划上报中央及中央军委。
20日10时05分，三八炮团对市区叛军占领的药王山制高点开始炮击，尔后一五九团4个步兵连发起冲击，于11时56分歼灭叛敌，攻占了药王山。
就在谭冠三正要下令攻击罗布林卡的时候，收到彭德怀不同意反击的电报。彭德怀要谭冠三依托堡垒、战壕、掩体就地死守，同时尽量缩小防区，等待内地部队解围。半小时后，谭冠三又收到中央及中央军委的复电，得知毛泽东的意图是不让他反击，而是要他牢牢地吸住叛乱武装，不让叛匪离开拉萨，要人民解放军做出急待增援、难以支持的样子。不但要吸住拉萨之敌，而且要促使叛乱集团下定吃掉拉萨解放军的决心，将全区叛匪统统吸往拉萨，配合外围部队对其合围，一网将西藏、云南、青海、四川、西康几省窜到西藏的叛匪全部歼灭，减少今后在各地进行零星清剿的困难。
接到彭德怀和中央及中央军委的电报，谭冠三知道自己闯了大祸，打乱了毛泽东的战略计划。现在已经打响了，怎么办呢？谭冠三明白，目前的形势是只要一停止攻击，叛乱武装查明意图后就会逃窜，到那时更难收场。惟一能弥补的办法就是尽量全歼拉萨叛乱之敌，不使其漏网或尽量减少其外窜。于是，他一面命令部队准备继续攻击，一而立即将此情况上报中央及军委。
毛泽东看到谭冠三上报的情况，生气地说，这个谭冠三，越来越糊涂了。但战幕已经拉开，停止是不利的，一定要取胜，便回电同意打，但指示谭冠三只准胜，不准败。
