经过台湾方面与孙科的接触，双方确定孙科以参加纪念国父诞辰100周年活动为由返台。1965年是孙中山诞辰100周年纪念（台湾方面根据中国传统以虚年而定），蒋介石有意隆重纪念，以显示国民党政权之“道统”的合法性，也需利用孙科的国父哲嗣身份，来壮大自己的声威。1964年由台湾出资的在美组织“中华文化教育基金会”推举孙科担任董事长，孙科前往华盛顿参加年会，来往机票及餐宿费用均由该会负责。从这时起，孙科与台湾官方机构建立起联系。孙科既有意返台，蒋介石也有心欢迎。1965年10月29日，孙科搭机从美返台，在台北松山机场受到蒋经国及2000余人的欢迎，场面之盛大令孙科不禁涕下。
孙科结束流亡生涯，投奔蒋介石统治下的台湾，首要之务即在于重新调整与蒋介石的关系。孙科抵达台湾的第二天，在蒋经国陪同下，专程从台北乘专机前往高雄蒋介石的官邸拜谒。两人自1949年广州分手，16年后在台湾相逢，过往旧事已如昨日云烟，史载孙、蒋会面，“相见甚欢”，蒋介石设午餐招待孙科，饭后并邀同车到外面游览风景，蒋并亲送孙科回左营军校寓所。蒋介石并将自己曾住过的阳明山第一宾馆交孙科及其家属居住，该住所系日式平房，花木扶疏，清静幽雅，孙科在台一直居住于此。
孙科既蒙蒋介石礼邀，当投桃报李。一周后，孙科在台北举行的“华侨救国总会第三次代表大会”开幕典礼上发表返台后的第一次公开演讲，表态全力拥护蒋介石，声称要“在总统英明领导下，反攻大陆，消灭伪共，重新建立统一之中华民国”。又半月，孙科在纪念孙中山百年诞辰大会上再度吹捧蒋介石，攻击中国共产党。
孙科返台后在重大场合表明了支持蒋介石的政治立场，被蒋介石一一看在眼里。1965年12月20日，蒋介石正式聘孙科为“总统府资政”，此职虽为闲职，但毕竟结束了孙科返台后一个多月的闲散人的身份。1966年9月1日，蒋介石正式提名孙科为“考试院”院长。从此，孙科又名列党国要人之列，只是“考试院”院长毕竟没有大陆时代的立法院院长那般风光，蒋介石以“考试院”院长这个半闲职慰劳孙科，对于年高76岁的孙科而言，已是心满意足了。
重返政坛
返台后孙科除了投靠蒋介石已再无其他选择，大陆时代少许追随孙科的老人早已改换门庭，现今大多挂个闲职，在政治上无任何影响。孙科在大陆时一度寄予希望的美国，也早已把他遗忘，在蒋氏父子严密控制下的台湾，孙科以一衰老之躯，欲发挥“余热”，只能一切视蒋介石的眼色行事。1966年10月30日为蒋介石寿辰，孙科特作文《总统对中国文化的贡献》，为蒋介石祝寿，颂扬蒋介石“继承国父的遗志，完成不竟的事业”，“以中国文化为基础，其事母孝，对国父忠，于国家民族则显露出其大智大仁大勇的德行”。以后凡蒋介石寿辰，孙科皆作文祝寿，若仅从其祝寿文观之，历史上孙、蒋矛盾冲突之事似乎从来就没发生过。
