直到1990年，在政治斗争白热化、反对派开始夺权、经济发生严重危机的情况下，戈尔巴乔夫才不得不考虑向市场经济过渡。这年的3月6日通过了《苏联所有制法》，承认了各种所有制形式平等。1990年7月27日，以叶利钦和西拉耶夫为一方，以戈尔巴乔夫和雷日科夫为另一方签署合作协议，共同拟定向市场经济过渡的计划。但最终却形成了两个向市场经济过渡的计划，双方都不妥协，戈尔巴乔夫进行了调和。10月中旬，戈尔巴乔夫向总统委员会和联邦委员会递交了“统一方案”，叶利钦等人从中看到的是对己方计划的否定，是戈尔巴乔夫拒绝与俄罗斯领导人一道向市场经济过渡。俄罗斯决定独立行事，实施自己的500天计划。戈尔巴乔夫与叶利钦再次走上了对抗，苏联经济只能靠惯性运行——到苏联解体前夕，苏联经济实际上已经崩溃，戈尔巴乔夫落到了四处乞讨的地步，苏联难以为继。
“一切权力归苏维埃”行不通
苏联体制的危机实际上是政治、经济、精神的全面危机，根子在于政治上的专制。进行政治体制改革是许多苏共高级领导人的共识，雷日科夫说：“党的领导核心已经逐渐清醒地认识到：这样下去不行！”这句话后来成为一句时髦的口号。在1988年苏共中央二月全会上讨论政治体制改革问题时，苏共中央就达成了共识，即改革不是改善现有的体制，而是使这个体制有崭新的结构和成分，承认公民的政治权利，鼓励他们参与国家的政治生活。
戈尔巴乔夫政治体制改革的核心是恢复苏维埃的职能，恢复列宁时代“一切权力归苏维埃”的原则。任何问题，无论是经济的还是社会的问题，不能越过苏维埃加以解决，党的政策——经济、社会、民族政策——都应当首先经过人民代表苏维埃来执行。列宁在十月革命后，根据巴黎公社的经验，提出建立立法和行政合一的体制，条件是苏维埃代表普选产生，随时可以撤换。后来苏联建立了立法行政合一的体制，但离开了普选的原则，戈尔巴乔夫要恢复这一原则。
戈尔巴乔夫设计的新权力机构是苏联人民代表大会，由2250名代表组成，其产生方式是： 2/3的代表在居民中通过差额选举产生，1/3的代表由社会组织推荐。苏联最高苏维埃，是苏联国家权力常设的立法、管理和监督机构，由人代会选举产生，成员为544人，由联盟院和民族院组成，各有代表271人，外加最高苏维埃主席和副主席。
1989年3月从上到下进行了新的国家权力机构——人民代表大会代表的选举。戈尔巴乔夫想通过人民代表的选举使共产党重新获得人民的认同，希望通过差额竞选吸纳社会上支持“改革”的力量进入政权机关。但事实证明社会上潜藏着对苏共极大的不满，叶利钦、索布恰克等成了有巨大影响的人物，在随后进行的地方苏维埃选举中，他们都当上了苏维埃主席，苏共在莫斯科和列宁格勒实际上失去了控制权。
戈尔巴乔夫把一切权力从党转向苏维埃的做法，显然很片面。在现代政治中，立法和行政、司法是各有分工的，党集中了一切权力有弊端，苏维埃也不能集中一切权力。戈尔巴乔夫提出，党要把不属于它的那些权力和职能统统归还给国家政权机关，但他又要“用党的威信来加强作为人民代表机关的苏维埃的作用”，其办法是把同级党委会的第一书记推荐到苏维埃主席的岗位上。戈尔巴乔夫兼任最高苏维埃主席，在自己的手中集中了党和国家的最高权力。这样做的结果是国家最高领导人戈尔巴乔夫陷入繁杂的议会事务中，把越来越多的精力放在最高苏维埃方面，党的决策体系被架空和削弱。1989年5月25日，第一届苏联人民代表大会正式开幕，会议的主要议题是组建最高苏维埃领导机构，启动人民代表大会制度。但代表大会实际上变成了群众大会，2000多名各种各样的人把代表大会变成表演的舞台，提出了各式各样的观点。事实证明，苏维埃无法承担起领导国家的职责，这迫使戈尔巴乔夫在1990年3月转向了总统制。
