旅顺大屠杀是日军高层有组织策划的一起战争罪行
旅顺大屠杀不是一起一般日本军人违反国际公法战争法规的犯罪，而是日本第二军自上而下有组织地进行的大规模屠杀暴行，其性质更加严重。
日方的一些记载也并不讳言是日本第一师团长山地元治中将下达的屠杀令，这是真实可信的。
日本间谍向野坚一随日本第二军第一师团进攻旅顺，目睹了一切，便在回忆录里承认，山地元治下达了“除妇女老幼外全部消灭掉的命令，因此旅顺实在是惨而又惨，造成了旅顺港内恰似血流成河之感”。
正由于此，师团所属军官皆命令士兵：“见到敌兵，一个不留！”向野坚一还在日记里记述，山地元治看见第三联队的士兵闯入民家，杀害两个平民，“鲜血四溅，溢于庭院”，他不但不加以制止，反倒嘱咐杀害平民的日兵“不要对外讲”。
日方的记载还证明，第一旅团长乃木希典少将和第二旅团长西宽二郎少将都是屠杀令的积极执行者。
那么，作为日本第二军司令官的大山岩大将，对于所属第二师团所犯下的如此严重的战争罪行，是否毫不知情而可以置身事外呢？回答是否定的。因为说大山岩对屠杀并不知情，无论从军事作战纪律还是从情理来说，都是绝对不可能的。
当时，伦敦《泰晤士报》指出：“日本攻取旅顺时，戕戮百姓四日，非理杀伐，督兵之员不能临时禁止，恐为终身之玷。”连原先倾向日本的英国牛津大学教授胡兰德也认为：“当时日本官员的行动，确已越出常轨。”都强调了旅顺屠杀的责任主要在统兵官员。
因为当时在旅顺的西方人士都非常清楚:“日军司令官和他的所有将军们都知道，大屠杀正在一天接一天地进行。”大山岩是旅顺日军的最高指挥官，对于接连4天的大屠杀当然不会不清楚。此其一。
11月21日午后，日军在旅顺的屠杀已经开始了，大山岩在阅兵场主持祝捷会，一面命军乐队奏“君之代”，一面听外面杀戮平民的枪声。克里尔曼看见他此时正与诸将校“在奏乐声与枪弹声的错杂中频频碰杯，并微笑地蹬着方步”。可见，他不但完全清楚日军的屠杀，而且还为此而感到满足。此其二。
最能够说明问题的是，在旅顺屠杀期间，他专门派他的法律顾问有贺长雄去做西方新闻记者的工作，说服他们不要将日军的屠杀报道出来。若不是他心中有鬼，何必多此一举？此其三。
如此等等，足以说明大山岩是旅顺大屠杀的元凶和最高责任者。
日军在旅顺的屠杀既非因清军“辱尸”激起的“复仇情绪”导致的“自发”报复行为。更不是日军辩称的只是消灭“便装清军”与“武装抵抗居民”的战斗行为。它是在日军高层将领的直接命令和间接煽动下对无辜的普通中国民众的野蛮屠杀。也许正如美国报纸所说，这一刻他们“脱文明之假面露野蛮之本体矣”。