反对“三门峡”工程
1949年，上海刚解放，东北农林部就到上海来招聘建设东北人员，黄万里去应聘了。我们8月份离开上海，9月18号到达沈阳。他在东北水利局做了一个冬天，1950年去了唐山交通大学。
在唐山，黄先生开始尝到政治运动的滋味。黄的同事沈智扬被扣上“贪污”的罪名，黄先生对他说，“你要是贪污了就必须承认，但你要是没贪污，也不要瞎说一气，瞎说也不好。”这话被工人听到后，黄万里遭告发，成了被怀疑与批查的对象。
1953年，全国院系调整，黄万里调到清华大学。1956年，黄万里不同意苏联专家提出的“三门峡”规划方案，坚决反对上马“三门峡”工程。他在大会上说：“你们说‘圣人出，黄河清’，我说黄河不能清，‘黄河清’，不是功，而是罪。”《中国水利》却在1957年第7期刊登他们当时开会的情况，包括他在会上的发言，第8期却是批判他的文章，第9期还是批判他的文章。人家怎么批判他，他当时在会上怎么说的，都是历史事实摆在那里。
现在，三门峡的问题是已经明摆着的了，各种杂志、网上都有很多材料，大家都看见了。在他活着的时候，没有人认为他的意见很重要。
1957年春，黄万里在清华校刊《新清华》发表短篇小说《花丛小语》，批评“三门峡”工程。清华大学多次开会批判他。校党委向他宣布划为右派分子的处分决定时，他说：“伽利略被投进监狱，地球还是绕着太阳转！”。虽然我没有直接听到他说这样的话，但这样的意思肯定是有的。
清华大学水利系教师胡家博、李亚莉和当时的学生党治国、李晓凤、张锡彩等人，也因为黄万里辩护而被打为“右派”，特别是党治国，受了很多苦，还差点被枪毙。黄先生虽然在单位遭到批判，但他回家后照样干他的，看书、洗澡、出去遛达，这些遭遇不妨碍他，不影响他。
他被打为右派之后，先是在密云水库工地劳动。我去工地看他，住在半地窖里，又冷又饿。直到1960年才从工地撤回来。那时正是生活紧张的时候，我们住在清华解放前盖的新林园平房里，院子很大。他就在院子里种玉米、南瓜、各式各样的豆子，虽然以前没种过，但种得好极了。甚至到1964年的时候，还剩下几百斤老玉米，后来都喂鸡了。北大有几个男同学，每个礼拜都来吃一次。文化大革命闹得最厉害的时候，我们被赶出来，职工抢进去住了，一所房子住两家人，院子里盖了很多小房子。
1966年“文革”爆发后，清华附中的红卫兵来抄了我们家，没有抄到什么。8月24日，我被校医院叫去开会，开完却不让我回家，让我在办公室坐着。等我回家一看，黄万里已被红卫兵打得浑身是血。后来黄先生自己给周总理写了一个条子，具体写的什么，我记不清了，但肯定是反映清华打人的事。我把这条子送到国务院接待室去。几天后，上面派人来清华宣布，不准打人。
1969年，我们被下放到江西鲤鱼洲血吸虫疫区，后来有些人得了血吸虫病。我们住在像兵营一样的大仓库里。黄万里被斗得精神恍惚，连自己都搞不清是不是特务了，还给大女儿写信，让大女儿帮助回忆一下，自己是不是特务。1970年6月的一天，黄万里中暑了，发高烧，但两个头头折磨他，说，要到39度才可以不干活。1971年，我们才从江西回到北京。但黄万里仅仅在北京呆了半个月后，又被下放到三门峡水库打扫厕所。他身体不好，前列腺出了毛病，甚至出现了血尿。“四人帮”垮台后，他回到北京治病。