1878年，远赴新疆帮办左宗棠军务的杨昌浚，在塞外途中写下了“上相筹边未肯还，湖湘子弟满天山”的名篇。这首在清末诗词史上占据重要地位的边塞佳作，描写的正是晚清左宗棠剪灭阿古柏政权而收复新疆一事。
这片166万平方公里的广袤疆域，北西南三面与多达八个国家接壤，区内则有维、汉、回、蒙、哈等13族世居者共存。晚清时代国势陵夷，在“塞防”与“海防”孰轻孰重的激烈交锋中，颇具远见的左宗棠力压弃疆一派，从英国和俄罗斯的虎视眈眈之下，将其重新纳入清王朝的西北版图之中。
当年威名远播的“左公柳”如今又值新芽，在规格颇高的新疆工作会议将再度召开的当下，西北一域又吸引到不少的目光。
历史上谁在管理新疆
清代新疆建省地图
新疆，古代属于狭义上的西域范畴。西汉武帝时期，张骞“凿空”西域和贰师将军李广利两次征讨大宛，都分别进入该地区。战胜大宛后，西汉中央在轮台（今新疆轮台东）、渠犁（今新疆库尔勒西南）置设使者、校尉，这是西汉在西域设置行政机构之始。
公元前60年，汉宣帝设立西域都护府（与郡级别相等），辖境包括自玉门关、阳关以西的天山南北，直到今巴尔喀什湖、费尔干纳盆地和帕米尔高原以内的广大区域。自此，天山南北诸地均归汉朝统属，新疆正式成为中国领土的一部分。
曹魏代汉时期，继承汉制领护西域。在今哈密和吐鲁番地区分设校尉，后又设置西域长史来进行管理。不过经历两晋直到南北朝结束，在这三百多年当中，一般认为中央政权对西域地区并没有实际的控制。在西域南北大道，更多的是被地区性大国所控制和割据。
隋唐的强盛使得中原王朝对西域地区（尤其是新疆）的管理得到巩固和加强。640年，唐太宗在今吐鲁番西雅尔郭勒地区设立安西都护府。其最大管辖范围曾一度完全包括天山南北，并至葱岭以西至达波斯。在武周时代北庭都护府分立之后，两大都护府开始分治天山南北。唐朝实际控制西域的时间前后长达150年左右，尽管其控制并不一定体现在直接派员管理上。
9世纪之后的中原王朝无暇顾及西域，宋、元、明中央政府或受实力所限，或由于政权并立，对新疆地区的直接管理时间均比较少。西域包括新疆地区出现了几个国家并列存在的局面。
这一局面在清朝得到有效的改善。1759年，乾隆平定南疆大小和卓之乱，天山南路重新纳入中国版图。回部平定后，清廷设伊犁将军统辖新疆各部。伊犁将军对于新疆不同地区和不同民族，又分别实行不同的统治制度。在北疆实行的是扎萨克（旗长）制度，在东疆汉人较多的地区实行郡县制度，在南疆维吾尔族大部分地区沿袭原有的伯克（突厥贵族官号）制度，但取消了伯克的世袭制。在此后的六十多年中，新疆都没有发生大的动乱。
在晚清左宗棠收复新疆之后，清廷接受了其在该地设置行省的建议。1884年，湘军大将刘锦棠凭借战功出任新疆第一任巡抚，新疆正式成为中国省一级的行政单位。
1911年，辛亥革命的炮声打破了新疆的平静。新疆巡抚袁大化遵旨承认共和，从此新疆进入民国时期。在民国时代的30多年内，新疆孤悬在外，基本只依靠区内一己的力量来维系。该地先后由杨增新、金树仁、盛世才等地方实权派实行封建割据式的独裁统治。在他们治下，新疆游走在苏联、延安和南京（重庆）三者之间，保持着相对的独立性。这使得新疆处于比较封闭的状态，与中原政府的联系被人为地切断。
维吾尔的突厥化与伊斯兰化
中亚以及新疆的突厥化与伊斯兰化是一个相当漫长的过程。新疆在历史上虽是中国“不可分割的一部分”，但实际上却更多承受来自中亚文化的辐射。这一点上，西藏与印度的关系也有类似之处。
公元6世纪以前，无论在古代中国西域的城郭诸国，还是发源于天山南脉的锡尔河以南绿洲地区，都还是住着操着印欧语系的农民。一直到10世纪中叶以前，新疆的居民多信奉佛教、摩尼教和萨满教。
情况在公元960年发生了变化。该年，由唐末西迁回鹘所建立的喀喇汗国（领土包括新疆中西部地区）正式宣布皈依伊斯兰教。从此，其以“圣战”为旗帜向东方信奉佛教的高昌回鹘和土著人建立的于阗国连年发动进攻，强迫当地居民改宗伊斯兰成为穆斯林。1006年，作为南疆的最后一个土著政权于阗国覆灭，塔里木盆地成为回鹘人的统治领地。研究者认为，土著人的语言和文字之后逐渐消失，南疆的突厥语化过程基本完成。
1211年，成吉思汗西征，新疆和整个中亚地区都归入蒙古大汗国的版图。塔里木盆地是成吉思汗次子察合台的封地，后来发展成察合台汗国。然而，尽管各割据政权的首领都是蒙古贵族，但是当他们进入塔里木盆地和中亚地区后，由于长期生活于操突厥语的居民中间，蒙古贵族和士兵从语言、习惯和生活方式上也都逐渐突厥语化和伊斯兰教化了。
到14世纪中叶以后，塔里木地区的佛教势力完全被肃清，伊斯兰教占据统治地位。北疆高昌故地的汉人也逐渐习惯于“操着胡音、披发左衽”。塔里木盆地缘边地区原住居民的回鹘化和伊斯兰化，完成了近代维吾尔族形成、发展历史上的一个重要阶段。