其实，李登辉本人跟蒋氏父子这两位前任一样，是在国民党全盘掌控下，由这个“万年国会”选出的“总统”，他的立场虽不免尴尬，也意识到不改不行了。1988年11月7日，在“总统”李登辉主导下，由俞国华主持的“行政院”通过“第一届资深中央民意代表自愿退职条例”草案，于1989年1月26日由“立法院”通过。3月1日起，当局开始受理这批过去号称“法统”所系的老“代表”“委员”申请退职，他们每人最高可领退职金546万元新台币。
但草案中的“自愿”仍然是一厢情愿，即便再优厚的条件，也抵不上“在位”，有位就有权，有权就有利益，还可以打出“维护中华民国法统”，甚至跟反“台独”挂钩之类名正言顺的旗号。由此，这些年届古稀的“民意代表”们纷纷“抗退”，并酝酿抵制李登辉。此时，国民党内部以李登辉为首的“主流派”和反李的“非主流派”权力斗争也在加剧，台湾政坛一时风云诡谲。
1990年2月20日，“国民大会”在台北阳明山中山楼召开，准备选举第八任“总统”，会议期间爆发了所谓“二月政争”。本来，在秘书长宋楚瑜的精心运作下，李登辉经国民党中央委员会以一致起立鼓掌的方式被推为“总统”候选人，但遭到了“非主流派”的抵抗，“非主流派”准备推出林洋港和蒋纬国与之竞选。此时，“国民大会”正在召开，“国大”更试图扩大权力。
“野百合学运”发生在1990年台湾的春天
“二月政争”马上引来社会反应，就是“野百合学运”，又称“三月学运”或“台北学运”。3月16日下午，数百名大专院校学生集中在“中正纪念堂”静坐，抗议“国民大会”滥权。19日起，学生开始大规模静坐抗议活动，动员全岛学生数千人，要求解散“国民大会”、废除临时条款、召开“国是会议”，并发起“全民逼退老贼签名运动”。这次静坐示威为期一周，被称为“野百合学运”。最后，李登辉接见学生代表，应允召开“国是会议”，尽速解决学生所提的问题。
“野百合学运”促使林洋港、蒋纬国及“拥蒋派”知难而退。3月21日，李登辉正式当选为“总统”。4月2日，李登辉以“总统”身份正式邀请民进党主席黄信介就有关“宪政体制”、政党政治等问题进行会谈，被视为政治发展的重大突破，但也引起国民党内“非主流”势力赵少康、郁慕明等“新国民党连线”（新党的前身）人士的不满。此后，李登辉运用手腕，通过起用军事强人郝柏村“组阁”等一系列方式，稳固权力。
尽管资深的“中央民代”仍然抗拒退职，但“万年国会”的问题终于以“释宪”方式做了政治性解决。6月20日，“司法院”大法官会议对“第一届资深中央民意代表任期问题释宪案”作成解释，指出资深“民代”应该于1991年12月30日以前终止行使职权，并由政府适时办理第2届“中央民代”选举，至此，被民间骂为“老贼”的资深“民代”退职已成定局。
“野百合学运”结束了“万年国会”的运作
1990年6月28日，“国是会议”在台北圆山饭店召开，李登辉邀请的台湾朝野130多位与会代表展开政治对话与辩论，其中就“修宪”或“制宪”，“总统”由“公民直选”或“委任选举”等问题争论不休，最后闭会达成一些共识，包括“国会改革”“修宪工程”等内容，其中最引人瞩目的，是确定于1996年5月（观察者注：实际是1996年3月举行）由“公民直选”第9任“总统”。这个重大决定所引发的后果，超出当年所有人的预期。
补充阅读：
台湾1996年的“公民直选”
1996年3月23日，首次台湾地区领导人选举完成投票，投票率达76.4%。李登辉、连战以5813399票当选，得票率为54%。彭明敏、谢长廷的得票率为21.13%，林洋港、郝柏村及陈履安、王清峰的得票率分别为14.90%和9.98%。这样，已经担任了八年“总统”的李登辉再度获得了权柄，而这一次他在个人政治史上更进一步，成了首任民选“总统”，可以说是镀上了一层“民主”的金，他本人此后被拥趸奉为“民主先生”。
