中方在美济礁维权成功有力压制了菲方侵权气焰
中国改革开放后综合国力日益增长，在南海的维权也自然随之加强。1994年末，考虑到南海形势在美军撤走后已有变化，中国渔政部门组织精兵强将，以迅雷不及掩耳之势进驻了过去菲律宾人经常入侵的南沙美济礁。
美济礁有着南海岛屿中少有的环礁，中间有巨大的泻湖，可供较大舰船进出，属于天然的避风良港，战略意义非常重要。1994年12月29日，中方以渔政31号为指挥船编队依次驶入泻湖，随后施工队伍登礁日夜加班，迅速修建起各种设施。1995年1月，菲方舰只想驶进美济礁时被中方驱离，菲律宾军方随即声称其军机和巡逻舰发现美济礁上有中国的建筑物。2月8日，菲总统拉莫斯发表讲话对“中国军舰出现在美济礁”提出抗议，菲律宾政府向美国克林顿政府求援时，还扬言要把美济礁问题提交国际仲裁。中国方面则坚持声明美济礁在历史上就是本国领土，自然有权进驻修筑渔业设施。
对中国方面这一维权行动，恼羞成怒的菲当局采取了各种反扑手法。1995年5月13日，菲方故意组织了由美、日等国记者参加的记者团到美济礁进行“实地采访”，在两艘军舰护航下企图强行进礁。守礁的中国渔政船在主航道中间实施了坚决阻挡，对峙了几小时后迫使对方退却，菲方只好安排记者坐直升机进行“空中采访”。当时美国虽有一些政客对菲表示支持，克林顿政府却并未提供实质性军援，其他东盟国家考虑到对华关系也沉默未表态。
菲律宾对美济礁不断逼近骚扰无效后，于1998年10月重新挑起事件。12月，菲空军以C-130运输机搭载一名美国议员飞过美济礁上空，随后让此人发表讲话称“看到中国人正在拼命地建筑这些防御工事”，再度寻求美国军事援助。菲律宾总统埃斯特拉达还让海军加强对美济礁的监视，然而菲军明白自己老旧的舰只与中国海军“江湖”级护卫舰根本不在一个档次，最终无计可施。这样，继1988年中国海军首次进驻南沙群岛6个礁盘后，美济礁又成为20世纪90年代我国在南沙海域恢复行使主权的一块宝贵领土。
前些年中菲关系有所发展黄岩岛又成为矛盾爆发的导火索
2001年，阿罗约夫人接任被本国人称为贪腐典型的埃斯特拉达担任总统。这位自称“福建人后裔”兼“福建人儿媳”的女总统在公开场合主张对中国友好并一再访华，2004年访华时还签署了在南海地区联合勘探油气资源的合作协议，中菲海上摩擦在此间有所降温，菲律宾因在经济上得到中国照顾而受益不少。不过，阿罗约夫人在 9年任期内忙于抑止国内此起彼伏的军事政变，后来在对南海问题的立场上也迎合国内极端情绪，于2009年3月签署“领 海 基 线法”，将中国的南沙部分岛礁和黄岩岛划入菲领土。2010年阿基诺三世上台后，虽然也承认自己是“中国人的外孙”，却采取了将南海东部称为“西菲律宾海”等一系列挑战中国主权的动作，两国的海上争执再度升温。
菲律宾领导人的这些做法，严格而论主要还不是个人行为，而是其国内上层依附美国的传统心态在新形势下的体现。看到近年来美国加强在亚太的军事部署，一些政客又想像当年狐假虎威地侵占南沙东部岛屿那样，再有效控制黄岩岛海域，并以“一夜暴富”式的幻想期盼靠掠取海底石油获取暴利。这种心态支配下的行动，自然会同中国近年来加强海上维权的行动发生碰撞。
