蒋介石龙颜大怒 《大公报》停刊三天
1941年年12月22日，王芸生发表《拥护修明政治案》社评，巧妙地披露香港沦陷之际，“逃难的飞机竟装来了箱笼老妈与洋狗”的丑闻，还揭开了外交部长郭泰祺国难当头竟以巨额公款买私人豪宅的黑幕。他说：“我们舆论界若再忍默不言，那是溺职”。此文一出，前者引发了昆明、贵州等地大学生反对孔祥熙的学潮，后者导致郭的下台。
1943年2月2日，他读了记者张高峰采写的《豫灾实录》通讯，心情激荡，挥毫写下《看重庆，念中原》的著名社评：
“饿死的暴骨失肉，逃亡的扶老携幼，妻离子散，挤人丛，挨棍打，未必能够得到赈济委员会的登记证。吃杂草的毒发而死，吃干树皮的忍不住刺喉绞肠之苦。把妻女驮运到遥远的人肉市场，未必能换到几斗粮食。……灾荒如此，粮课依然，县衙门捉人逼拶，饿着肚纳粮，卖了田纳粮。忆童时读杜甫所咏叹的《石壕吏》，辄为之掩卷叹息，乃不意竟依稀见于今日的事实。”
“河南的灾民卖田卖人甚至饿死，还照纳国课，为什么政府就不可以征发豪商巨富的资产并限制一般富有者’满不在乎’的购买力？看重庆，念中原，实在令人感慨万千！”
此文一出，人们争相传阅，蒋介石龙颜大怒，《大公报》被罚停刊三天。
抗战的胜利曾给王芸生带来昙花一现的希望，他当时的社评《日本投降了》、《毛泽东先生来了》都显得那么乐观。他还为马歇尔来华、停战令、三人军事小组、政协会议的召开喝过彩。当然，即使这段时期他也发表了《莫失尽人心》和《为江浙人民呼吁》这样的社评，揭露、抨击国民党官员借接收之机大肆劫夺的行径。
随着和平化为泡影，内战烽烟四起，1946年后他发表了不少批评国民党政府的社评，产生很大的社会影响。陈布雷为此公开声言：“我在精神上和王芸生绝交。”
1947年5月25日，王芸生发表个人署名的《我看学潮》一文，说学生反内战、反饥饿、反迫害的三反运动是很自然的，呼吁“赶快停战，快快和平！”对学运消息也作了大量客观报道。12月29日，发表李纯青执笔的社论《何必防闲学生运动》，更是公开支持学潮。国民党《中央日报》第二天就发表社论，大骂王芸生“响应共党匪徒”的“武装叛乱”。1948年1月1日，胡政之发表题为《两点说明》的署名文章为他申辩。
1947年6月5日，王芸生发表《逮捕记者与检查新闻》社评，“从6月1日天未亮的时候起，本报连续遭遇三件不幸：一、重庆本报八位记者曾敏之等被捕；二、本报驻广州特派员陈凡被捕；三、天津自6月1日又行新闻检查，本报津版特受苛遇，凡属专电特稿大半检扣。这固然是大公报的不幸，其实更是国家的不幸。……民主政治的起码条件，是尊重人权，保障人民的基本自由，并尊重舆论。……尤其是捕记者，检查新闻，显然是与保障自由尊重舆论背道而弛 。""捕学生，捕记者，演惨案，是各地治安当局太张皇了。……为了国家的荣誉，也为了新闻界的职业自由，我们郑重要求政府从速恢复被捕记者的自由，取消天津的新闻检查。”
6月8日，英国代表自由思想的权威报纸《曼彻斯特导报》为此发表评论，王芸生把这条专电安排在《大公报》要闻版，眉题是“外报论中国捕记者”，主题是“抓人封报实难叫人同情”，副题两行“人民不满情绪岂可压抑，实现和平民主才是上策”。
7月，《大公报》记者唐振常被捕，王芸生得知消息立即打电话给上海市长吴国桢，要他立即放人。留下了“今晚不放人，明天就见报”这样掷地有声的话。
12月26日，王芸生在社评中直接批评“新产生的这部中华民国宪法”——“就文字与精神言，在这时代，均不算十分理想。”“这部宪法最大缺点，还不在它本身，而是这次的制宪国大缺少了一个和平团结的规模。一个主要的党派未参加，而半个中国还在打着内战，因此大大减损了这部宪法的尊严性。”
1948年7月8日，南京《新民报》被勒令停刊，王芸生挺身而出，不仅写下了《由新民报停刊谈出版法》的社评，“限制言论与发表的自由，这与保障民权的精神是不合的”。接着，又刊出了毛健吾、曹聚仁等24位新闻界、文化界、法学界人士联名的《反对政府违宪摧残新闻自由，并为南京新民报被停刊抗议》，这是《大公报》文人议政传统陨落之前最后一轮辉煌的跋涉。国民党《中央日报》为此连续发表《在野党的特权》、《三查王芸生》等文，污蔑、攻击他是新华社的“应声虫”。王芸生并不畏惧，发表《答南京中央日报两点》予以反驳。
