在无产阶级文化大革命的风暴中，刘少奇被打倒了，邓小平被打倒了……不过，在被打倒的名单上，并没有陈云。究其原因有几个：陈云工人出身，没有“剥削阶级”之类根源可挖；陈云从未被捕，也就不存在“叛徒”之嫌；陈云讲话谨慎，没有多少“反党反社会主义反毛泽东思想”的辫子可抓；陈云为人清廉、作风正派，没有什么可供揭发的。
不过，也有人一直“惦记”着陈云，在康生、谢富治的“清算”下，也被红卫兵抄家，在周恩来的干预下，造反派们才悻悻离去。九大上，陈云离开了中央政治局，之后，中苏关系陷入极度紧张之中，为防止苏联的突然袭击，中央作出紧急决定，把一批老一代的党和国家领导人紧急送往外地，即“战备疏散”。林彪、江青集团借“战备疏散”之机，把一大批“靠边”、“接受审查”以及被“打倒”的老干部驱离北京，其中有刘少奇、朱德、邓小平、陈云、陶铸、王震，等等。陈云被“战备疏散”到江西，名义上是“调查研究”、“接受工人阶级再教育”。这样，陈云在江西过了3年的“闲居”生活。
1972年4月下旬，陈云回到北京，过着“一天打鱼一天晒网”的生活。在1975年1月召开的第四届全国人民代表大会第一次会议上，陈云当选为人大常委会副委员长。陈云自1949年10月起，便担任历届国务院副总理，但这次任命的国务院副总理的名单上，没有陈云。
陈云所住的北长街寓所，原是一座旧房子，陈云住了近30年，又从未大修过，在唐山地震中墙壁被震出了裂缝。为了陈云的安全，有关部门提出翻修，陈云听了，直摇头。他说，我的房子比四周老百姓的房子好得多，为什么要翻修？把这么好的房子拆了重建，老百姓会骂死你的！
不久，中国发生“政治大地震”——毛泽东于1976年9月9日逝世……
在粉碎“四人帮”之后，1977年8月12日至18日，中共第十一次全国代表大会在北京召开。陈云的名字虽然出现在222名的主席团成员名单之中，但仍只是中共中央委员。中共十一届一中全会选举产生的领导核心成员中，没有陈云，在中共中央政治局委员以至候补委员的名单中，也没有陈云！其实，那是由于陈云从1962年以来称病，在人们的印象中，他已年老多病，该是担任荣誉性职务的时候了——虽说陈云比邓小平还小一岁！
“文革”后，扔出五颗重磅炸弹
中国政治舞台上的斗争，依然尖锐。已经很久没有公开发表文章的陈云，在1977年9月28日《人民日报》上发表了《坚持实事求是的革命作风》，强调了实事求是，对两个“凡是”进行批判。这时，陈云仍住在北京北长街的老房子里。虽然“解放”了，但还没有安排工作，没有事干，还在“待命”。
“待命”中的陈云，在几个月后终于发出了震惊中国的声音。
中共中央在1978年11月10日至12月15日，召开了历时36天的工作会议。会上，华国锋相邓小平展开了激烈的交锋。就是在这次会议上，沉默已久的陈云，作了两次重要发言，引起极大的震动。陈云一发言，便引起全会的广泛注意。人们惊讶地发现，陈云的话是那样的尖锐而有分量，见解是那样深刻。1978年11月12日，陈云在东北组作了第一次发言。陈云说：
