唐家璇驳回美方解释：
误炸结论断难接受
初步调查结束之后，美方马上组团到北京解释调查结果。代表团由总统特使、负责政治事务的副国务卿托马斯·皮克林率领，成员来自白宫、情报界、国务院和国防部长办公室。
6月17日，皮克林借助幻灯片和其他可视资料，竭力让充满疑问的中方官员相信，炸馆事件纯属意外。他把这起意外事故归咎于诸多失误：目标定位技术出了问题，数据库的不准确和不完整，以及本应发现错误的复审过程不尽完善。
皮克林强调美国没有理由故意袭击中国使馆，那样一个决定是违反美国理念和实践的，无助于实现北约削弱“南斯拉夫政府和军队镇压科索沃能力”的目标，而且会使美国为结束这场冲突而在外交上征得中方的支持变得更加困难。
中国外交部长唐家璇驳回了美方的解释，认为它不够充分、缺乏说服力。他说：“美方迄今对事件发生原因所做出的解释，是难以令人信服的，由此而得出的所谓‘误炸’结论，是中国政府和人民断然无法接受的。”
而在华盛顿，国防部明显对特使之行缺乏热情，军职官员没有一人随团去北京。部分国会议员指责中国政府利用炸馆事件，操控公众情绪，煽动反美抗议活动，以迫使美国在其他问题上让步。
危机善后：
中国如愿加入WTO
尽管中国政府对皮克林的解释并不满意，但官方层面停止了对炸馆事件的追究。克林顿政府也表示不会为了平息中方怒气而在台湾问题、中国入世条件或其他双边争端上让步。炸馆事件引发的争吵至此大体结束，双方开始采取实质性措施平息危机。
7月30日，中美双方宣布，美国政府将向事件中的27位受伤者以及3位死者的家属，支付450万美元的赔偿。9月，美方将赔款交付中国政府。同月，克林顿和江泽民利用参加在新西兰奥克兰举行的亚太经合组织首脑会议之机，进行了数次颇有成效的会谈。此后，总统国家安全事务助理桑迪？伯杰对外表示中美关系已经“回到正轨”。
1999年11月，中美双方就中国加入世贸组织达成协议。同年12月，美国政府同意支付中国政府2800万美元以赔偿中国使馆遭受的损毁，协议同时要求中国付给美国280万美元以赔偿美驻华外交机构的损失。2000年初，中美两国恢复了全面的双边军事交流。
然而在非官方的场合，很多中国人依然认为炸馆事件是蓄意而为，美国人或是为了惩罚中国在科索沃战争问题上与美国作对，或是为了逼迫中国在台湾或其他问题上做出让步。
2000年4月，中情局宣布了对炸馆事件责任人的处罚：解雇一位中级官员，并对其他6人给予行政处分。中国外交部发言人批评中情局的措施失当，并再度呼吁美国政府“惩罚肇事者”。然而，此时华盛顿已忙于即将在11月举行的总统大选，北京也将注意力集中到应对民进党候选人陈水扁竞选台湾“总统”一事上。
事后来看，此次危机之所以最终得以缓解，很大程度上有赖于双方多年的交往、商贸关系、对两国共同战略利益（“压舱石”）的全面认识，以及危机管理者真诚的努力，使这一依然神秘难解的悲剧性事件不再成为影响两国关系发展的障碍。稳住了中美关系这艘在惊涛骇浪中穿行的巨轮。