美方道歉激怒中国
说声对不起就想甩手走人
华盛顿显然低估了中方对炸馆事件反应的激烈程度，他们的注意力完全集中在科索沃战事的发展上。当时，讳莫如深的中情局极力想摆脱又一次尴尬（1998年未能预料到印度会进行核武器试验）；执行轰炸任务的军方则强调自己的作战使命；五角大楼也不愿透露更多相关信息；连轴转的外交和军事行动已让北约领导人疲惫不堪，华盛顿领导层此时最不希望看到的，就是本已困难重重的巴尔干军事行动突然增加了一层复杂的中国色彩。
而接下来经过精心安排的道歉行动又进一步激怒了中国民众。
尚慕杰大使在炸馆事件之后，立即与中国外交部联系，对这一“可怕失误”而引起的伤亡表示哀悼。但华盛顿却在事发数小时后才表态，声称炸馆事件是一个目标定位错误，并对“误炸所造成的伤亡深表遗憾”。克林顿总统称炸馆事件是个“不幸的失误”，就此事“向中国领导人和人民表示真诚的遗憾和哀悼”，但同时又指出，塞尔维亚总统米洛舍维奇的“种族清洗”政策才是问题的根源。
这些言论激怒了中国驻美大使李肇星，他告诉公共电视网（PBS）新闻节目的吉姆·勒瑞尔：“如果你们只说声‘对不起’却不采取任何深入措施就甩手走人的话，只会增加中国人民的愤慨。”显然，华盛顿必须做出更多努力才能满足中方的要求，包括道歉、调查、赔偿及惩罚责任人。
调查结果：
美国人自己都很难理解
事态发展至此，一个由白宫、国务院和国防部官员构成的部际工作组才开始定期协商，为国安会主要领导成员提出政策建设。一位参加者曾说：“我知道这件事根本是个意外，是一个行动上的失误，但要了解发生的原因，然后再解释给中国方面听，那就完全是另外一回事了。整个事件神秘莫测，官僚们一筹莫展，这实在是一场灾难。”
8日傍晚，国务卿奥尔布赖特亲自携带道歉信前往中国驻美大使馆。除了传达我方误炸中国大使馆及其所造成的悲剧深感歉意之外，还提到“我们不能坐视米洛舍维奇施行其‘种族清洗’的政策”，北约有必要继续对南联盟进行军事行动。信中还希望中国政府加强对美驻华外交机构的安全保卫措施。
同时，美国政府针对中情局的作业程序及失察，进行了一系列调查，希望借此了解指定目标作业为什么会出现如此大的偏差。整个调查由副国务卿约翰·哈姆雷和参联会主席约瑟夫？罗尔斯顿牵头负责，有层层保密措施。尽管哈姆雷博士和中情局局长特内特后来列举了目标定位错误的主要原因，但细节和结论至今未能解密。
有一位参与调查的官员描述说：“有两个并存的事实：一方面美国有非常好的技术，例如隐形轰炸机、激光制导系统、卫星定位技术和空中加油；但另一方面，某人在地下室里一边读着报纸体育版，吃着裹了糖粉的面包圈，喝着大杯的思乐饮料，一边选定一个他从未去过的城市作为轰炸目标。”
这种情况就连美国人自己都很难理解，对中国人来说就更加不可思议。因此，他们很容易将这一事实与阴谋联系起来，并且深信不疑。