20世纪80年代初，从北洋政府内务部的档案中发现了一份惊人的材料，这份1913年7月3日北洋政府的国务院致其内务总长的秘密公函内称：“奉大总统发下黄远庸条陈一件，内称：宜由警厅组织特种机关，专司检阅报纸，从法律干涉，并择要编辑为侦探材料。一面组织新闻通讯机关，整齐一切论调、纪事等语。”内务部当即回复了黄远生，向他解释说，“查本部阅报，早已派有专员，即警察厅亦有专员司阅报纸”。这无疑对他的建言是一种讽刺，看来黄远生确实低估了北洋政府的舆论控制能力。黄远生的建言在主观上并不是邀宠极权政治，鼓励其加强专制手段，而是为了利用袁世凯“法律控制”的手段来干涉那些“持党见喜党争”而“祸害”国家和民众的政党报纸，特别是希望能限制被他视为“叛党”的国民党的“喉舌”。
不仅如此，黄远生鬼使神差地差点成了袁门豢养的“鸡鸣狗盗之士”。1915年秋，袁世凯看中了黄远生这位名满海内的名记者，要设法将他罗列门下。袁世凯先是邀请黄远生担任他御用的上海《亚细亚报》总撰述。接着又向黄表示，如果能为自己撰写赞成帝制的文章，将酬谢10万元，并给他一个部长的位置。黄远生开始想延宕不作，面对袁世凯的压力，他只得以一篇“似是而非”搪塞。但袁氏极不满意，派人逼他重写。
此时，袁世凯要当皇帝的野心已经昭然若揭。黄远生选择了不合作。1915年9月3日，他偷偷踏上了逃亡之路，到上海避祸。在抵达上海前，黄远生在《申报》头版刊登了反对帝制的启事，明确表示“此次筹安会之变更国体论，实难赞同一日”。抵上海后，他在好友戈公振和吴贯因的帮助下，逃亡美国躲避。
谁是杀害黄远生的真凶，袁世凯还是孙中山？
1915年12月25日下午6时许，在美国旧金山唐人街的广州楼内，正在饮茶吃饭的黄远生被人从背后近距离连开二枪命中后背而殒命，凶手一直未获。究竟是谁下的毒手？多年来众说纷纭。
最初有两种说法。一种猜测是袁世凯派人跟踪到旧金山暗杀的。另一种说法，是中华革命党（国民党的前身）美洲总支部误认黄远生为袁世凯的死党而误杀的。在一些细节问题上，说法更不一致。如有的认为他是“被爱国华侨当作帝制余孽炸死”的；有的则记载：被革命党人误以为是“袁党”枪杀于住宅内；有的言其“被袁派遣杀手狙击身亡”；还有文章说他是被枪杀于旧金山街头等等。
1984年，黄席群在写作《追忆先父黄远生》一文时也未能明白真相。他不无遗憾的写到：“我父亲究竟是谁杀害的，至今是个疑案，我个人的看法是，无论他是死于袁世凯派遣跟踪的刺客之手，还是遭到在美洲的国民党人杀害，总之，他不幸遇害的根本原因，离不开袁贼妄图称帝这个关键问题。如果是死于袁党之手，正因为我父亲不但不接受袁贼的笼络收买，反而于游美之前公开在报上表示反对变更国体；如果是死于国民党人之手，那就该怪这帮人没有弄清事实，竟误认为他是袁世凯的吹鼓手，糊里糊涂地杀害一个平白无辜、真正有良心的青年人，的确是冤哉枉也。”
事实并非如此，暗杀黄远生案真相大白时，已经是1986年。当年刺杀黄远生的凶手刘北海临死前道出了真相。他执行的刺杀竟是中华革命党美洲支部指使，由后来任国民政府主席的林森直接指挥，刺杀的命令来自当时的中华革命党党魁、中华民国的 “国父”孙中山。
黄远生的死，与被“革命党误为袁党”实际上没什么关系，完全是因为孙中山无法容忍异见的批评。原来，黄远生的报道不止批评袁世凯，对孙中山等革命党人的活动也冷嘲热讽，如揭露和讥讽 “孙大炮”出卖国家利益、借助日本财阀的资金图谋执政等事。曾任北洋政府司法部部长和清华研究院导师的林志钧先生指出：远生论事论人“不存成见”，即使“论起共和党，也并不因为熟人较多，气味较近，丝毫没有丝毫偏袒哪一党的意思。这种不存成见，公平评论的气度，亦是很可佩服的”。正是因为这种“不存成见，公平评论”影响了孙中山在海外华人中的政治根基和革命资金来源，进而妨碍了孙中山的计划，孙大为不满，必欲去之而后快。结果无意中达成一石二鸟的效果：既剪除了眼中钉黄远生消声钳口，还让袁世凯替他背了 70多年的“黑锅”。
黄远生可谓“中国第一个真正现代意义上的记者”。作为一个新闻记者，有铁肩担当，无党派意见。正是因为如此，30岁的黄远生倒在了枪口之下。但他的思想和实践，却并没有随着他的生命而终结。在后来的自由主义报人眼里，黄远生永远都是一面耀眼的旗帜。无论对错得失，我们在历史上可以清晰地掂测出他的分量和高度。
