出任红四方面军总政治部主任
1932年11月间，在红四方面军翻越巍巍秦岭，进入关中平原前夕，张琴秋被正式任命为红四方面军总政治部主任。这也是土地革命时期乃至整个战争年代，女战士在我党军队中所担任的最高职务。从这个意义上说，称张琴秋为红军唯一的女将领毫不为过。徐向前在《历史的回顾》中谈到张琴秋的政治工作时说:“张琴秋同志任方面军总政治部主任（原为七十三师政治部主任），沿途开展政治宣传工作认真积极，起了很大的作用。”
红四方面军主力撤离鄂豫皖长途西进转移，无疑是一个重大行动。张国焘却以保密为由，事先既不在领导层中研究商讨，进行中又不向指战员解释。他的这种家长式作风引起了广大指战员的极大不满。同时，指战员们都希望尽快结束这种无根据地的盲目流动。12月初，当部队西行至陕南城固县小河口镇停下来以后，各种意见都出来了。红四军政委余笃三和四方面军总部的干部王振华、朱光等私下酝酿着，要到中央告张国焘的状。一天，张琴秋与旷继勋、余笃三、刘杞、王振华、朱光等几个人便请教威信很高的鄂豫皖根据地领导人曾中生。曾中生很理智，说向中央反映情况固然好，可江西距此遥遥几千里，怎么个去法？况且，即使到了中央，中央会不会听，还是个未知数。鉴于此，曾中生建议不如写一份意见书，由他送张国焘。大家觉得这是个好办法。于是，曾中生根据大家的意见，写了份材料，准备交给张国焘。同时，大家又推举张琴秋去做红四方面军总政委陈昌浩的工作，以争取得到他的支持，毕竟他们是莫斯科中山大学的同学，关系较为密切。张琴秋将大家的意见向陈昌浩说了以后，陈昌浩立即报告了张国焘。
张国焘得知这一情况后，为了应付这些同志的要求并缓和部队的不满情绪，于12月8日在小河口召开了师以上干部会。会上，张琴秋和到会的其他同志，都对张国焘的军阀主义和家长式作风提出严肃的批评。并要求立即停止向西转移，迅速在川陕鄂一带创建根据地，尽快把今后的行动方针告诉中央。张国焘对提意见的同志怀恨在心，伺机打击报复。
在广大指战员的浴血奋战下，红军以势如破竹之势挺进川北，建立了川陕革命根据地，革命形势有了很大的好转。张国焘对于在小河口会议上给他提过意见的人却一直怀恨在心，此时他认为打击报复的时机已经到来，开始大规模的“肃反”运动，陆续将曾中生、余笃三、旷继勋等人杀害。张国焘一天突然找张琴秋谈话，要她揭发曾中生等人的“右派”活动，并交代与他们的关系。张琴秋实事求是地谈了小河口给张国焘提意见一事的经过，在《我的声明书》中说:“我曾经同李特同志谈国，我们总觉得这样将部队开跑，领导上总是不正确的。”张国焘见她态度强硬，拒不认错，于1933年春撤了张琴秋红四方面军总政治部主任的职务，派她到红江县（今通江的涪阳坝）担任县委书记。她也是川陕苏区的第一位女县委书记。当时，有不少人都为张琴秋的撤职而不平。但她却刚正不阿，对于张国焘的打击，从不屈服。她胸怀宽广，一切以大局为重，她认为只要是党的工作，干啥都行。她接到通知后，二话没说，打起背包就走上了新的岗位。
