9月29日，中国人民政治协商会议通过《中华人民共和国中央人民政府组织法》。中央人民政府委员会以政务院为国家政务的最高执行机关。政务院设政治法律委员会、财政经济委员会、文化教育委员会、人民监察委员会和各部。在部级建制中设有“科学院”，与文化部、教育部、卫生部、新闻总署和出版总署等平行，同受政务院文化教育委员会的指导。科学院被赋予了管理全国科学研究事业的政府行政职能。
10月19日，中央人民政府委员会第三次会议，任命郭沫若为中国科学院院长，陈伯达、李四光、陶孟和、竺可桢为中国科学院副院长。3天后，郭沫若主持讨论科学院组织问题。在10月25日召开的政务院第二次会议上，决定科学院的正式名称为“中国科学院”。10月31日，中央人民政府主席毛泽东签署命令，向郭沫若颁发“中国科学院”铜质印信。11月1日，中国科学院在北京东四马大人胡同10号开始办公，后来即以此日为中国科学院的成立日。
科学院的筹备是以建立国家最高科学机关为目标。建院伊始，中国科学院整合全国科研机构，调配各科专家，团结全国科学界，迅速组建了第一批研究所，从而树立了科学院为全国科学中心的地位。
几十年来，几代中国科学院人不懈努力，顽强拼搏，勇攀高峰，开拓和建立了新中国自然科学各主要学科领域，形成了我国在高技术主要领域的战略科技力量。知识创新工程以来，中国科学院坚持科学发展，前瞻谋划，锐意创新，扎实工作，在全国科技界发挥了引领示范和带动作用。作为我国在科学技术方面的最高学术机构和全国自然科学与高新技术的综合研究与发展中心，中国科学院时刻牢记使命，与科学共进，与祖国同行，以国家富强、人民幸福为己任，人才辈出，硕果累累，在共和国发展史上写下了光辉的篇章。
