1979年7月19日，《中共中央、国务院批转广东省委、福建省委关于对外经济活动实行特殊政策和灵活措施的两个报告》正式出炉，也就是广东干部群众所熟知和对之充满感情的“中发（1979）50号文件”。50号文件给广东、福建两省在计划、财政、金融、物价等方面以较多的自主权。特别在外贸方面，允许广东有权安排和经营自己的对外贸易，来料加工、补偿贸易和合资经营等项目，省里可以自行审批。还确定了在深圳、珠海、汕头、厦门试办经济特区。1980年3月，中央在京召开广东、福建两省参加的会议，正式将“出口特区”定名为“经济特区”。
对于中央根据广东省委的要求做出的这一重大决策，习仲勋感到责任重大。他多次讲，他的心情是“一则以喜，一则以惧”。喜的是，广东有了这个权，可以先走一步，充分发挥广东优势，也为全国摸索一点经验，这个任务很光荣；惧的是，任务艰巨，缺乏经验，能否搞好，有些担心。习仲勋从北京回到广州后，广东省委于1979年5月至6月召开了省委常委扩大会议和三级干部会议，传达中央工作会议精神。会议期间，在穗的叶剑英元帅接见了广东省、地、市、县的主要负责人。叶帅语重心长地勉励大家努力工作，使广东在改革经济管理体制方面先走一步，并强调在上下之间、地方干部和外来干部之间要加强团结，为把广东的工作搞上去做出贡献。从这以后，广东根据中央的方针，实行特殊政策、灵活措施，创办经济特区。开始了新的征程。
1979年9月，习仲勋和杨尚昆出席党的十一届四中全会，接着又参加了党中央召开的一个讨论经济工作的座谈会。会议期间，邓小平对广东办经济特区问题作了重要批示。要广东省委放手搞，加紧搞。要宽些，快些，小手小脚没办法搞。邓小平还说：将来台湾回来，香港搞回来，也是特区。过去陕甘宁也叫特区。是我们中国的地方就是了。邓小平的批示，给广东的同志增添了新的巨大的力量。广东省委对深圳、珠海、汕头三个经济特区作了规划，加快了步伐。1980年8月26日，叶剑英委员长主持第五届全国人大常委会第十五次会议，会议批准颁布了《中华人民共和国广东省经济特区条例》。
1980年9月24日和25日，习仲勋、杨尚昆、刘田夫一起来到北京，向中央书记处汇报广东的工作，并得到中央负责同志的全力支持。中央书记处的会议纪要写道：“中央授权给广东省，对中央各部门的指令和要求采取灵活办法，适合的就执行，不适合的可以不执行或变通办理。”当时一位中央领导同志引用京剧《孙安动本》的故事，说定国公徐龙手上有明太祖所赐的黑虎铜锤。既然有中央的文件为凭，广东在实行特殊政策方面胆子就要大一点。此后连续几年，党中央、国务院都召开广东、福建两省会议，研究和解决两省在实行特殊政策和灵活措施中的新情况、新问题。
1984年1月24日，邓小平来到深圳视察。邓小平对深圳的同志说：“试办经济特区是中央的决定，我的主张，究竟办得成功不成功，我要来看一看。”当听到创办特区几年来工农业产值、财政收入增长情况时，邓小平插话：“那就是一年翻一番喽。”深圳市委书记梁湘答道：是的，一年翻一番。邓小平听后点了点头。从24日到26日，邓小平在深圳视察了国贸大厦、深圳渔民村、蛇口工业区，26日晚上，邓小平为深圳写下了题词：“深圳的发展和经验证明，我们建立经济特区的政策是正确的。”
1980年9月，习仲勋被补选为五届全国人大常委会副委员长。1980年10月，中共中央决定调广东的习仲勋、杨尚昆回到中央工作，他俩的职务分别由任仲夷和梁灵光接替。任仲夷担任中共广东省委第一书记，梁灵光任广东省委书记兼广州市委第一书记。1981年3月，刘田夫正式接替习仲勋担任广东省省长。1981年6月，在中共十一届六中全会上，习仲勋被增选为中央书记处书记。1982年9月，在中共十二届一中全会上，习仲勋当选为中共中央政治局委员、中央书记处书记，负责中央书记处的日常工作。
在此期间，习仲勋参与了一系列重大决策的研究、制定，处理了许多重大和复杂疑难问题。在拨乱反正，推动组织、干部、人事制度改革，实现干部的新老交替，精简机构，加强领导班子建设等方面，倾注了大量心血。1988年4月，习仲勋当选为七届人大常委会副委员长兼内务司法委员会主任委员。他亲自主持多部法律、条例的审议，参加了全国人大与外国议会间的交往活动，为坚持和完善人民代表大会制度，加强我国民主法制建设做出了积极贡献。2002年5月24日，习仲勋因病医治无效，在北京逝世。
