基于此种情况，新政权对教会学校以及有美国背景的其他学校中发生的情况，一度也坚持采取不扩大矛盾的做法。比如，1950年10月初，教育部就政治课教育所发布的指示，虽然明确提出要把进行反美教育列为政治课教育的中心任务，强调要“首先进行反对美帝侵略及批判对美帝存在幻想的教育”，但是，针对发生在教会学校中的种种问题，却仍旧特别说明：“在教会学校进行政治思想教育，注意不要刺激宗教感情，着重团结全体师生，从政治上争取和团结教友共同反对帝国主义，可根据理论说明宗教的本质，不得发动群众性的反宗教的运动，或组织反宗教的展览会和群众集会等。”《中华人民共和国重要教育文献》，第60页。只是抗美援朝战争爆发之后，特别是美国宣布对华经济封锁之后，新政权的这一做法才发生根本性的改变。
1950年12月，由于美国方面率先采取了对华经济封锁的政策，中国政府不得不面对要部分接收受到这一冲击影响的那些过去接受美国津贴的学校的现实。29日下发的《关于处理接受美国津贴的文化教育救济机关及宗教团体的方针的报告》中，政务院文教委员会对美国津贴的中国学校的情况，进行了如下说明：即“在中国20所教会高等学校中间，受美国津贴的即占17所之多；300余所教会中等学校中间，受美国津贴的约近200所，几占2／3；小学方面受美国津贴的约1500所左右，约占全部教会小学的1／4”。显然，报告并不主张将这些学校全部收归公办，它力主在实行完全自办的原则下，最好仍由私人出资，不得已时再交由政府接办。《中华人民共和国重要教育文献》，第71~72页。
根据政务院的这一决定，教育部于1951年1月11日下发了《关于处理接受美国津贴的教会学校及其他教育机关的指示》，要求将凡过去接受美国津贴的学校，应根据情况改由中国人私人出资办理，或接收为公立学校，而美籍董事一律解职，美籍人员一律不得担任学校行政职务，美籍教师可酌情处理。而考虑到现实的条件和斗争的策略，指示明确要求各地务必要“将接受美国津贴的学校与接受其他外国津贴的学校区分开来”。《中华人民共和国重要教育文献》，第75~76页。
经过一系列的工作，到这一年的12月26日，教育部正式报告政务院称，整个处理工作已告完成。由政府接收改为公立的高等学校计11所，改由私人出资维持而政府补助的计9所；改为公立的中等学校计51所，改由私人出资维持而政府酌予补助的计217所。另外还处理了465所初等学校。总共有753所大、中、小学，“从帝国主义在中国的文化侵略的工具变成为中国人民服务的教育事业，使18万余青少年儿童从帝国主义奴化教育的魔爪下解放了出来”。《中华人民共和国重要教育文献》，第133~134页。
由于政府接办了众多过去由教会或外国人主办的学校，对于其他一些有外国资助背景的学校政府也开始直接介入其中，参与学校人事、教育等的权力和机会自然会越来越大。1951年11月中共中央关于在学校中进行思想改造和组织清理的指示，以及1952年5月中共中央在高等学校推行批判资产阶级思想和清理中层的做法，《中华人民共和国重要教育文献》，第132~133、148~149页。都显示了新政府对学校教育干预力度的进一步加强。这种情况纵使不能很快扭转所有学生的思想倾向，但至少在教会学校中像此前那样失控的局面，是很少可能再现了。
