一九○三年香港华商领袖在西区半山创办了圣士提反书院，三○年迁入赤柱。之后校方决定在附近再办一所直属小学，为中学提供程度相若的学生。小学首幢校舍于一九三八年落成，据说所用的砖块来自拆卸中的第三代中环街市，经粉饰后现已不见红砖面貌了。
中学部和小学部最近分别举行一百一十周年和七十五周年纪念开放日。在香港，歷史悠久的小学不多，获古咨会评级的小学更少。圣士提反书院附属小学A座为三级歷史建筑，楼高两层，由周耀年、李礼之建筑师设计，採用当时盛行的现代风格兴建，正门混合了装饰艺术特色。地下部分原有游廊，自从冷气机普及后，游廊已经密封，二楼的窗户亦减少。室内有一条铺了水磨石的楼梯，展现上世纪三、四十年代的怀旧气氛。
太平洋战争爆发后，圣士提反书院被日军佔领用作平民拘留营。小学校舍主要关押美国人，由于靠近岸边，有利船隻上落物资，半年后改为日军台湾人部队司令部，因此在战乱中能保存下来。
日本投降后，小学于一九四七年重开。五十年代增建男生宿舍，六十年代开放给女生寄宿。其后学生人数增加，先后加建多幢校舍。学生大部分来自富裕家庭，被视为贵族学校。校方要求每人要学习一种音乐，那天开放日，看到不同级别的学生组成管弦乐团、管乐团和合唱团演出，水准不俗。
