从国家安全保障局高官的构成可以看出，在机构设置上“由外务省主导”、“重视日美同盟”。谷内此前曾担任内阁官房参事，作为外交领域的智囊深受安倍的信赖。而副局长兼原信克在安倍第一次担任首相时曾担任外务省综合外交政策局总务科科长，当时提出了与欧亚大陆国家展开合作的“自由繁荣之弧”构想。这一构想在当时担任外务省事务次官的谷内主导下最终完成，进而成为了外务相麻生太郎的外交方针。而当时担任外务相秘书官、随后担任麻生首相秘书官的是内阁审议官山崎和之。
在外务省仅仅曾担任一次局长的兼原之所以被提拔为次官级的官房副长官助理，据称是因为得到了谷内的推荐。 在国家安全保障局，“谷内—兼原”成为人事构成的核心。此外，日本国家安全保障局的特征还包括，熟悉日美关系的成员很多。谷内、兼原、山崎等人均曾在日本驻美大使馆工作。兼原、船越健裕和鲶博行两个组长均曾担任《日美安全保障条约》课课长，曾致力于日美同盟的强化。
而从防卫省出身人员来看，“总括与调整”组组长增田和夫此前曾担任日美防卫合作课课长，当时负责《日美防卫合作指针》的修订。而负责讨论中长期安保政策（例如日本行使集体自卫权）的“战略策划”组组长红濑正洋也历任冲绳调整官等职务。为了解决冲绳美军基地问题，曾长期努力协调当地和美国的关系。
“希望大家避免受出身部门的束缚，而是应怀有‘国家官僚’的骄傲和责任”，谷内通过训示向下属人员发出了这样的号召。由各政府部门人员拼凑而成的国家安全保障局要作为政府整体的指挥部发挥作用，下属官员能在多大程度上摆脱其出身部门的思维将成为关键。
组长之下的策划官将由与组长来自不同部门的工作人员担任。还将纳入参事官助理和主调查官等20～30多岁的年轻工作人员。审议官以上将在大楼3层拥有单独的办公室，但组长以下将在2楼的大办公室工作。相互之间能够看见，沟通更加顺畅，局内工作人员称“这样能避免隐瞒信息”。此外，负责对外贸易的日本经济产业省和主管海上保安厅的国土交通省等部门也派出了官员。日本国家安全保障局的一名高层指出，各政府部门是否会迅速提供宝贵信息，可以说“取决于时任首相和官房长官的领导能力”。
有舆论认为，日本版“国家安全委员会”带有浓重的军事味道，并显示出了极强的对华针对性。日本《朝日新闻》较早前发表的社论呼吁称，“莫让日本版国家安全委员会成为军事司令部”。有社论指出，与日本版“国家安全委员会”创建法案配套出台的《特定秘密法案》也存在一定的问题。预计日本政府将进一步强化日美同盟，并相继展开修改“武器出口三原则”，以及为解禁集体自卫权修改宪法解释等一系列动作。这就是安倍政权勾勒出的一条道路，而“国家安全委员会”为此打开了“入口”。
分析人士指出，日本首相安倍晋三（Shinzo Abe）是日本政坛中“鹰派”政客的代表人物之一，日本版“国家安全委员会”的成立预计将令日本的外交安保政策愈发地带有“安倍式”的保守色彩。以安倍政权第二次执政以来在外交安保政策上的动作来看，有一个明显的特征就是，通过外交手段刻意渲染地区威胁，来实现其军事上的深层次目的。此种做法长此以往，将给日本开展地区外交带来极大的障碍，甚至令日本在地区间愈发陷入孤立。
